원칙적으로 납세의무가 성립한 날로부터 일반 부과제척기간 5년이 경과한 후에는 과세처분을 할 수 없습니다.  그러나 국세기본법 제26조의2 제6항이 적용될 경우 5년의 일반 부과제척기간이 경과하더라도 납세자가 제기한 심판청구나 소송 등에 대한 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년 이내에 결정 또는 판결의 취지에 따라 재처분할 수 있습니다(이하 ‘특례제척기간’).  따라서 선행처분에 절차적 위법이 인정되어 납세자가 수년에 걸친 소송에서 승소하더라도, 과세관청은 절차적 위법을 치유한 후 특례부과제척기간을 적용하여 다시 동일한 내용의 과세처분을 할 수 있습니다.

이 사건에서 처분청은 청구인이 2010~2013년 사업연도에 대한 매출을 과소신고하였다는 이유로 세무조사를 하였고 조사 결과에 따라 과세예고통지와 그와 동일한 내용의 법인세, 부가가치세 부과처분 및 대표자에 대한 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 선행처분’)를 하였으며, 청구인은 이 사건 선행처분에 대하여 취소소송을 제기하였습니다.  국세기본법 제81조의15 제2항에 따라 처분청은 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구기간 30일을 보장하여야 하나 처분청은 이 사건 선행처분에 대하여 그 청구기간을 보장하지 않았고, 법원은 과세전적부심사 청구기간을 보장하지 않은 과세처분은 절차적 하자가 중대 · 명백하여 무효로 보아 이 사건 선행처분을 취소하였습니다(대법원 2022. 4. 14. 선고 2022두30867 판결).

그러나 처분청은 일반 부과제척기간 5년이 경과하였음에도, 특례부과제척기간을 적용하여 법원의 취소 판결일로부터 1년 이내에 이 사건 선행처분과 동일한 내용의 과세예고통지를 하였습니다. 이에 청구인을 대리한 저희 법무법인(유) 세종은 국세청에 과세전적부심사청구를 제기하였는데, 이 사건의 핵심 쟁점은, 실체적으로는 선행처분에 무효사유인 하자가 존재하지만 법원이 형식적으로는 무효확인이 아닌 취소 판결을 한 경우에 특례부과제척기간을 적용하여 한 처분이 적법한지 여부에 관한 것이었습니다. 

그간 과세관청은 절차적 하자가 있는 경우에는 그 하자가 무효사유인지, 취소사유인지 여부와 무관하게 특례부과제척기간을 적용하여 판결의 취지에 따라 하자를 치유하여 재처분하여 왔습니다.  그러나 과세처분에 취소사유가 있는 경우에는 그 처분이 취소되기 전까지는 유효한 반면에, 과세처분에 무효사유가 있는 경우에는 그 처분이 처음부터 존재하지 않는 것이므로, 선행처분이 무효사유로 취소된 경우에는 그 판결의 형식이 취소판결이라고 하더라도 특례부과제척기간을 적용하여 재처분을 할 수 없다고 보는 것이 법리적으로 타당하다 할 것입니다. 따라서 저희 법무법인(유) 세종은 국세기본법 뿐만 아니라 일반행정법 · 민사소송법의 관련 법리에 터잡아 위와 같은 청구인 주장의 법리적 정당성을 체계적으로 설명하였고, 그 결과 국세청은 청구인의 주장을 받아들여 전부 채택 결정을 하였습니다.

이 사건은 과세처분이 이루어지기 전 단계에서 기존 과세관행과 다르게 무효사유와 취소사유의 법리적인 차이점을 부각시킴으로써 납세자의 권리를 보호받을 수 있도록 하였다는 점에서 중요한 의미가 있다고 할 것입니다.