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업무사례

조세불복 (국세, 지방세 / 조세형사)

의료법인의 취득세 추징처분 취소소송에서 “정당한 사유”를 인정받아 추징처분을 취소시킨 사례

의료법인이 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 지방세특례제한법에 따라 취득세를 감면해주는데, 그 취득일로부터 1년이 경과하기 전까지 해당 용도로 직접 사용하지 않을 경우 ‘정당한 사유’가 인정되지 않는 한, 감면된 취득세가 추징됩니다. 

A의료법인은 종합병원을 설치∙운영하기 위하여 설립되었고, 설립 직후 출연자로부터 병원부지용 토지를 증여받으면서 취득세를 감면받았습니다. 그런데 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 병원 건물의 착공에 이르지 못하였고 이에 과세관청은 감면된 취득세를 추징하였습니다.

A의료법인은 1심에서 다른 법무법인의 조력을 받아 추징처분에 대해 다투었으나, 법원으로부터 ‘정당한 사유’를 인정받지 못하여 결국 패소하였습니다.

항소심 단계부터 A의료법인을 대리한 법무법인(유) 세종은, 취득세 감면 조항의 취지와 목적, 관련 법령과 조례의 개정 경위와 건축관계 법령의 내용을 면밀하게 분석하고, 특히 병원 설립과 관련한 인허가 등 행정절차는 물론 해당 사건의 특수성에 대하여 하나하나 구체적으로 따져 들어 갔습니다.

이를 바탕으로 법무법인(유) 세종은 (i) 해당 부지는 그 용도가 병원으로 지정되어 다른 목적이나 용도로 사용될 수 없어 감면을 유지할 조세정책적 필요성이 인정되는 점, (ii) A의료법인이 설립하려는 종합병원의 규모와 관련 행정 절차 등에 비추어 볼 때 준비기간에만 상당한 시일이 소요될 수밖에 없는 점, (iii) 관할 행정청의 인허가 절차의 지연이나 지역 주민들의 민원 제기와 같은 사정들 또한 종합병원의 건축 지연에 상당한 원인으로 작용한 점, (iv) 그럼에도 불구하고 A법인은 종합병원을 건축하기 위한 정상적인 노력을 다한 점 등 A의료법인에게 취득세 추징배제의 요건인 ‘정당한 사유’가 충분히 인정될 수 있는 사정들을 설득력 있게 주장하였습니다.

항소심 법원은 이러한 법무법인(유) 세종의 주장을 그대로 받아들여 제1심 판결을 취소하고 A의료법인의 청구를 전부 인용하였고 대법원 또한 항소심의 판단을 그대로 받아들여 과세관청의 상고를 기각하였습니다. 그 결과 A의료법인은 수 십억 원에 이르는 취득세 등의 추징을 면하게 되었습니다.

과세관청은 취득세 추징배제의 정당한 사유를 좁게 해석하여 유예기간 내에 직접 사용이 이루어지지 아니한 경우에는 일단 감면된 취득세를 추징하는 경향이 있습니다. 이 사건은, 이러한 과세실무의 문제점을 최고법원인 대법원 판례를 통하여 확인하였다는 점에서 큰 의의가 있습니다. 특히 추징배제와 관련하여 실무상 빈번히 문제되는 ‘정당한 사유’를 인정받았다는 점에서, 법무법인(유) 세종의 조세불복 수행능력이 다시 한번 증명되는 계기가 되었다고 할 것입니다.

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