정부는 2023년 개정세법에 대한 후속 시행령 개정안(이하 ‘시행령 개정안’)을 2024. 1. 23. 발표하였고, 2024. 2. 14.까지 입법예고를 거쳐 2월 중 공포·시행될 예정입니다. 법인과세 분야의 주요 개정사항 및 그 시사점은 다음과 같습니다.
 

1. 주요 개정사항

가. 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 신성장ㆍ원천기술 및 국가전략기술의 범위 확대1

조세특례제한법 상 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비와 국가전략기술을 얻기 위한 연구개발비에 대해서는 일반연구ㆍ인력개발비보다 높은 특례 세율(대기업은 신성장ㆍ원천기술 연구개발비의 20%, 국가전략기술 연구개발비의 30% 등)을 적용 받을 수 있습니다. 

2024. 1. 4. 발표된 정부의 2024년 경제정책방향의 정책목적 달성을 위해 특례 세율 대상 신성장ㆍ원천기술과 국가전략기술의 범위가 아래와 같이 확대됩니다.

[신성장ㆍ원천기술 범위]

유형 분야 분야 기술
신규 추가 에너지ㆍ환경 원자력 - 대형 원자력발전소 제조기술
- 혁신 제조공법 원전 분야 적용 기술
오염방지ㆍ자원순환 - 폐섬유의 화학 및 생물학적 재활용 기술을 활용한 자원순환 섬유소재 제조기술
로봇 로봇공통 - 그래픽 인터페이스 활동방식 등의 Non-coding 교시기술
첨단소재ㆍ부품
ㆍ장비
첨단 소재 - 효율ㆍ고용량 이차전지 음극재 제조 기술
- 희토류 원료 제조 공정 기술 등
탄소중립 수소 - 전력 생산 등을 위한 암모니아 발전 기술
- 산업용 수소 보일러 및 연소기 설계ㆍ제작 기술
산업공정 - 전기로 저탄소원료(직접환원철ㆍ수소환원철) 활용기술
방위산업 방산장비 - 유무인 항공기 등 추진체계 기술
- 감시정찰 및 통신위성 등 관련 군사위성체계 기술
전투지원 - 환경인식기술 등 활용한 유무인복합체계 기술
범위 확대 미래형 자동차 자율 주행차 - 자율주행 기록 기술
바이오ㆍ 헬스 바이오ㆍ 화합물의약 - 혁신형 신약(화합물의약품) 후보물질 제조기술
- 혁신형 개량신약(화합물의약품)의 원료 개발 및 제조 기술
에너지ㆍ환경 원자력 - 친환경ㆍ저탄소 후행 핵주기 기술
- SMR(Small Modular Reactor) 제조 기술
로봇 첨단제조 및 산업로봇 - 협동기반 차세대 제조로봇 기술
탄소중립 신재생에너지 - 바이오매스 유래 에너지 생산기술
에너지효율ㆍ수송 - 연료전지, 배터리 및 축 발전기 모터를 적용한 선박 발전시스템

[국가전략기술 범위]

유형 분야 기술
신규 추가 디스플레이 - OLED 화소형성·봉지 공정 장비 및 부품 기술
수소 - 수소 가스터빈(혼소ㆍ전소) 설계 및 제작 기술
- 철강제조공정에서의 수소환원제철 기술
범위 확대 반도체 - 차세대 메모리반도체 중 HBM(High Bandwidth Memory) 설계ㆍ제조기술

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 지출하는 분부터 적용됩니다.

나. 기회발전특구 세제지원 상세요건2 및 창업기업 세액감면 대상 평화경제특구 추가3

2023년 개정세법에 따라 지방 이전 기업 등에게 파격적인 혜택을 부여하여 지방투자를 활성화하기 위한 기회발전특구 세제지원 규정이 신설되었고, 이에 시행령 개정안에서 감면대상 업종, 투자누계액의 정의 등에 대한 상세요건이 규정되었습니다. 또한, 2023년 개정세법에 따라 신설된 평화경제특구 내 창업기업에 대한 세액감면 규정에 따라 평화경제특구가 감면 적용대상 투자지역에 추가됩니다.

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 창업 또는 사업장을 신설하는 분부터 적용됩니다.

다. 자본거래에 대한 과세 합리화4

(1) 잉여금의 자본전환 시 과세범위 합리화

이익잉여금으로 상환된 「상법」 제345조 제1항에 따른 종류주식(“상환주식”)의 주식발행 액면초과금이 법인세가 과세되는 의제배당에 포함됩니다.

동 개정내용이 확정될 경우 시행령 시행일 이후 자본에 전입하는 분부터 적용됩니다.

(2) 합병ㆍ분할차익에 포함된 3% 재평가적립금 감액배당 시 소득금액 계산방법 규정

2023년 개정세법에 따라 상법상 자본준비금 감액배당 시 합병ㆍ분할차익에 포함된 3% 재평가적립금에 상당하는 금액에 대해서는 시행령에 정하는 금액을 한도로 과세하는바, 이에 대한 합병ㆍ분할차익에 포함되는 과세대상 재평가적립금 한도금액은 “합병(분할)차익 – [피합병법인(분할법인)의 자본금 및 의제배당 비과세 자본준비금의 합계액(감소액) - 합병으로 증가한 합병법인(분할신설법인)의 자본금]”으로 하며 이 한도 내 감액배당 시 3% 재평가적립금, 이익잉여금ㆍ과세대상 자본잉여금, 비과세대상 자본잉여금의 순으로 배당한 것으로 간주됩니다. 

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 감액배당하는 분부터 적용됩니다.

(3) 자본잉여금 감액배당 시 장부가액 감액 명확화

자본잉여금 감액배당 시 종전 장부가액에서 감액배당 받은 금액 중 과세되지 않은 금액을 차감한 가액을 주식의 취득가액으로 하며, 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간의 합병(“무증자합병”) 시 보유한 합병법인 주식의 취득가액에 대하여 소멸한 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우 해당 금액은 제외)을 합산한 금액을 주식의 취득가액으로 합니다. 

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 감액배당하는 분부터 적용됩니다.

라. 영상콘텐츠 제작비용 세액공제 시 추가공제의 요건 구체화5

2023년 개정세법에 따른 영상콘텐츠 제작비용 중 추가공제 대상 요건을 국내에서 지출한 비용의 비율이 100분의 80 이상일 것 등으로 구체화하였습니다. 

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 발생하는 제작비용부터 적용됩니다.

마. 해외자원개발투자 세액공제 요건 등 구체화6

2023년 개정세법에 따른 해외자원개발투자 세액공제(투자ㆍ출자금액의 3%) 대상 투자 또는 출자의 범위, 출자ㆍ투자금액의 계산방법, 사후관리요건 위반 시 추징금액에 대한 규정을 시행령에 신설하였습니다. 

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 투자 또는 출자하는 분부터 적용됩니다.

바. 연결법인 간 결손금 이전에 따른 손익의 정산ㆍ배분액 세부 산정근거 마련7

2023년 개정세법에 따라 연결산출세액이 없는 경우로서 결손금 이전에 따른 손익의 정산금액(“정산금”)을 연결모법인과 연결자법인간 수수해야 함에 따라 이에 대한 구체적인 산정 근거와 연결산출세액이 있는 경우로서 결손금 공제ㆍ지급이 이루어지는 경우의 연결법인 산출세액의 산정근거가 마련되었습니다.

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용됩니다.

사. 동업기업 과세특례 적용범위 확대 및 관련 소득금액 배분 규정 보완8

2023년 개정세법에 따라 기관전용 사모집합투자기구에 한하여 자펀드에 투자하는 모펀드에 대해서도 동업기업 과세특례를 적용받을 수 있습니다. 

이에 시행령 개정안에서는 적용대상 기관전용 사모집합투자기구는 개인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제168조제1항에 따른 외국인, 해당 기관전용 사모집합투자기구의 업무집행사원의 임원 또는 운용인력을 포함)이 아닌 자만을 사원으로 하는 것으로 구체화하였습니다.

또한, 이러한 개정 규정이 적용되어 동업기업 과세특례가 중복 적용되는 경우에는 동업기업의 소득금액ㆍ결손금 배분 시 하위 동업기업의 소득금액ㆍ결손금은 상위 동업기업의 동업자군별 소득금액ㆍ결손금의 구분에 따라 상위 동업기업에 배분하도록 하였습니다.

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용됩니다.

아. 해외건설자회사 대여금 대손충당금 손금산입 특례의 세부사항 규정9

2023년 개정세법에 따라 해외건설자회사 대여금에 대한 대손충당금을 손금에 산입할 수 있는 특례가 신설된 바, 이번 시행령 개정안에서는 해외건설자회사의 요건, 특례 대상 채권의 범위, 회수가 곤란하다고 인정되는 사유에 대한 세부적인 규정이 신설되었습니다. 

동 개정내용이 확정될 경우 2024. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용됩니다.

자. 장애인고용부담금 손금불산입 명확화10

기업의 장애인고용 의무이행을 확보하기 위해 장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조제1항에 따른 부담금도 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 포함시켜 손금불산입되도록 하였습니다. 
 

2. 시사점

법인과세 분야에 있어서는 2023년 개정세법에 따라 신설된 과세특례의 위임사항 및 2024년 정부 경제정책방향 상의 세부정책사항이 후속 시행령 개정안에 포함되었고 그동안 실무상 해석이 모호했거나 법원과 과세관청의 해석이 달랐던 규정에 대한 정비도 이루어졌습니다.

이번에 신설 및 확대된 신성장ㆍ원천기술 및 국가전략기술의 적용 범위 및 대상 기술 여부 등을 포함한 감면 규정의 적용 및 확대된 세제 지원을 받고자 하신다면, 전문가의 도움을 받아 감면 요건 및 사후관리 규정 등을 면밀하게 점검하는 것이 중요하다고 하겠습니다. 

1 조세특례제한법 시행령(이하 ‘조특령’ 또는 ‘시행령’) 별표 7, 별표 7의 2
2 조특령 제116조의 36
3 조특령 제116조의 21
4 법인세법 시행령 제12조, 제17조, 제72조
5 조특령 제22조의 10
6 조특령 제104조의 15
7 법인세법 시행령 제120조의 17, 제120조의 22, 제120조의 26
8 조특령 제100조의 15, 제100조의 18
9 조특령 제104조의 30
10 법인세법 시행령 제21조