과학기술정보통신부(이하 ‘과기정통부’)는 4월 28일(화) 국무회의에서 연구비 자율성 강화를 핵심으로 하는 「국가연구개발혁신법 시행령」 개정안이 의결되었다고 발표하였습니다.

이번 시행령 개정은 2025년 11월 과학기술관계장관회의에서 발표한 「과학기술로 미래를 선도하는 연구개발 생태계 혁신방안」의 후속조치로서, 연구자가 행정적 부담에서 벗어나 연구에만 온전히 몰입할 수 있는 환경을 조성하고, 연구 현장의 불필요한 규제를 혁파하기 위한 취지에서 추진되었습니다. 주요 내용은 다음과 같습니다. 
 

1. 연구비 자율사용 항목 신설
  • (내용) 개인 연구자들의 연구비 자율집행을 대폭 강화하는 「연구혁신비 비목(직접비)」을 신설하여 연구재료 구입비, 출장비, 회의비 등 연구 수행에 일상적으로 필요한 경비를 비목 구분 없이 자율적으로 사용할 수 있도록 하고, 회의비 사용 시 외부참석자 필수 요건도 폐지
  • 연구혁신비는 직접비(경직성 비용 제외)의 10%까지 사용 가능하며(최대 5000만원), 해당 비목의 증빙자료 요건을 최소화하여 연구 현장의 행정 부담을 완화
  • (시행) 연구비통합관리시스템 정비 및 협약변경 등을 통해 일부 준비가 완료된 사업부터 우선 적용(2026년 6월)하고 2027년에 전면 시행
2. 네거티브 규제 전환
  • (내용) 연구기관(비영리기관)들의 연구자 지원을 위한 간접비는 기존에는 사용 가능한 항목으로 명시된 경우에만 집행이 허용되어 연구수행에 실질적으로 필요한 비용임에도 사용이 제한되었으나, 이를 네거티브 방식으로 전환하여 사용불가항목에 해당하지 않는 한 자유롭고 유연하게 사용 가능
  • (시행) 개정 시행령 공포 후 즉시 시행

<사용불가능한 항목(7개)>

구분 불가항목
공통 불가항목 1) 산단이 연구개발과제 수행에 대한 반대급부 없이 대학에 지급하는 비용
2) 배상금∙위약금 등 비용
3) 연구와 관련없는 비용(고시 위임 사항)
인력지원비 1) 전임교원 또는 과제에서 이미 인건비를 지급받는 연구자 또는 연구지원인력의 인건비
2) 대학원생 성적 우수, 조교 장학금 등
연구지원비 1) 연구개발과제 수주에 대한 보상으로 지급하는 비용
2) 건축비 및 건물 리모델링 비용
3. 회의비 사용 요건 완화 등 현장에 필요한 개선 추진
  • (내용) 창의적인 연구문화 조성을 위해 사소하지만 불필요한 규제도 개선
  • 회의비 사용 요건 완화: 기존에는 회의비(식비) 집행 시 사전결제를 의무화하여 연구 현장에서 상당한 불편이 있었으나, 이번 개선으로 회의비 사용을 위한 사전결재요건을 전면 폐지하여 연구자들이 보다 자유롭게 네트워킹할 수 있는 환경 마련
  • 불필요한 연구비 집행 규제 개선: 비영리기관이 연구재료비를 사용할 때 구비해야 하는 증빙자료도 간소화하여, 검수확인서만으로 증빙 가능토록 함
  • (시행) 개정 시행령 공포 후 즉시 시행

과기정통부 박인규 과학기술혁신본부장은 “과기정통부는 연구자들이 연구에만 집중할 수 있도록 행정부담을 완화하고 불편사항을 해소하기 위해 노력하고 있다.”고 밝히며, 이번 연구비 자율성 강화를 시작으로 규제 개선 사항을 연속적으로 마련해 나갈 계획임을 예고했습니다. 

 

시사점

  • 이번 시행령 개정으로 각 연구기관은 기존 내부 규정과 개정 시행령 간의 정합성을 면밀히 검토하고 관련 규정을 신속히 재정비할 필요가 있습니다. 특히 연구혁신비 한도 산정 방식, 간접비 사용 불가 항목 해석 등 세부 기준에 대한 명확한 내부 지침 마련이 요구됩니다.
  • 연구혁신비는 2026년 6월 일부 사업에 우선 적용된 후 2027년 전면 시행될 예정으로, 기관별로 연구비통합관리시스템 정비 및 협약 변경 등 사전 준비가 필요한 만큼 개정 내용에 대한 정확한 이해를 바탕으로 선제적으로 대응하는 것이 중요할 것으로 보입니다.
  • 간접비 사용 용도가 네거티브 방식으로 전환됨에 따라 집행 자율성은 확대되었으나, 사용 불가 항목에 대한 자의적 해석으로 인한 집행 오류 및 사후 감사 리스크도 상존합니다. 7개 사용 불가 항목의 범위와 경계에 대한 보다 구체적인 기준이나 해석이나 나오지 않을 경우, 기관 간 집행 기준의 불일치나 불필요한 행정 분쟁이 발생할 수 있어 전문적인 해석 지원이 필요합니다. 
  • 회의비 사전결재 요건 폐지 및 연구재료비 증빙서류 간소화 등으로 행정 부담은 줄었으나, 이에 상응하는 합리적인 내부통제 체계를 갖추지 않으면 연구비 부정집행에 대한 기관 책임이 커질 수 있습니다. 자율성 확대와 투명성 확보를 동시에 달성할 수 있는 균형 잡힌 집행 기준 및 모니터링 체계 마련이 요구됩니다.
  • 이번 개정은 연구비 집행 체계의 패러다임 전환에 해당하는 만큼, 기관 담당자만의 역량으로 개정 내용을 정확히 해석하고 현장에 적용하는 데 한계가 있을 수 있습니다. 법무법인(유) 세종은 개정 시행령의 주요 내용 분석, 기관별 맞춤형 적용 방안 검토, 집행 기준 수립 지원 등 실질적인 컨설팅을 통해 각 기관이 개정 취지에 부합하는 방식으로 연구비를 집행할 수 있도록 전문적인 지원을 제공해 드릴 계획입니다. 

 

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