정상가격 산출방법 사전승인(이하 “APA”)은, 이전가격 과세에 따른 불확실성을 사전에 없애기 위하여 납세자가 국외특수관계자와의 국제거래에 적용할 정상가격 산출방법을 과세당국과 사전에 합의하는 제도입니다.  청구인과 해외 자회사는 양사의 국제거래에 대하여 우리나라 국세청과 해외 자회사 소재지국 과세당국에 APA 신청을 하였고, 이에 양 과세당국은 협상 준비단계에 있었습니다. 그런데 처분청은, 청구인에 대한 세무조사를 실시하면서 청구인으로부터 APA 신청자료를 제출받아 그 내용을 근거로 청구인에게 법인세를 부과하였습니다.

법무법인(유) 세종은 청구인을 대리해 조세심판을 청구하여, ① APA 신청자료를 과세처분의 근거자료로 사용하는 것은 ‘APA 신청자료를 사전승인 심사, 사후관리, 체약상대국의 과세당국과의 정보교환 외 용도로 사용할 수 없다’고 규정한 「국제조세조정에 관한 법률」 시행령 규정을 위반한 것이고, ② 청구인은 국세청이 APA 절차에 따라 이전가격 과세문제를 해결해 줄 것이라고 신뢰하여 APA 신청자료를 성실히 제출하였는데, APA 신청 대상 거래에 대한 세무조사에서 그러한 신청자료를 제출받아 과세에 이용하였으므로, 이는 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하였습니다.

이에 대해 처분청은, 청구인이 제출한 개별기업보고서에 근거하여 과세한 것인데 그에 기재된 내용이 APA 신청서류의 내용과 동일한 것일 뿐이므로 위 시행령 규정을 위반하지 않았다고 주장했습니다. 

법무법인(유) 세종은 치밀한 법리개발과 더불어 이를 뒷받침하는 적극적인 입증자료 제출을 통해, 위 부과처분이 APA 신청자료를 근거로 이루어졌으므로 위법하여 취소되어야 하고, 설령 처분청이 APA 신청자료를 배제하고서도 동일한 부과처분을 할 수 있었다고 하더라도 마찬가지라는 조세심판원의 결정을 이끌어냈습니다.

이 사건은, 납세자의 APA 신청서류를 세무조사 근거자료로 활용하는 것은 위법하고, 그와 같이 위법한 절차로 수집한 과세자료에 기초하여 이루어진 부과처분 역시 위법하여 취소되어야 한다는 명시적인 조세심판원의 결정을 이끌어냈다는 점에서 의미가 있을 뿐만 아니라, 이러한 결정을 통해 APA 제도 자체에 대한 신뢰성을 제고하였다는 점에서 중요한 선례가 될 것으로 보입니다.