정부는 2026. 8. 3. 세제발전심의위원회를 개최하고 「2026년 세제개편안」(이하 “개편안”)을 발표하였습니다.  정부는 “대체불가 대한민국을 위한 경제대도약 지원”을 정책목표로 제시하고, 주요 추진전략으로 ① 반도체 호조를 넘어 잠재성장률 반등 지원, ② 서민·중산층과 청년 등에 대한 민생지원 및 지방우대 강화, ③ 공정과세를 위한 조세개혁 추진, ④ 세제 합리화 및 납세편의 제고를 설정하였습니다.  법인과세 분야의 경우 국내생산세액공제 신설과 자기주식 과세체계 정비 등이 주요 개정사항에 포함되었습니다.

개편안은 2026. 8. 20.까지 입법예고 후 국무회의를 거쳐 9월초 정기국회에 제출될 예정이므로, 향후 이러한 입법과정 및 국회에서의 구체적 논의 경과를 주시할 필요가 있습니다.

 

1. 주요 개정사항

가. 국내생산세액공제 신설

정부는 녹색전환 및 경제안보 차원에서 전략적 중요성이 높고 유망한 분야이나 국내 생산기반이 취약하고 투자금액 대비 생산비용이 상대적으로 큰 태양광발전 등 6개 분야의 적격품목을 국내에서 직접 생산·판매하는 등 요건을 충족하는 경우 일정금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하는 국내생산세액공제를 신설하는 개편안을 마련하였습니다.

구분 주요 내용
적격품목 태양광발전, 풍력발전, 이차전지, 반도체, 핵심소재 및 인공지능로봇 부품의 6개 분야 중 대통령령으로 정하는 품목
국내생산 요건 내국인이 직접 생산하고, 핵심공정을 국내에서 수행하면서 적격 생산비용 중 국내지출 비중이 일정 비율 이상일 것.  생산에 직접 사용된 사업용 유형자산이 통합투자세액공제를 받은 자산이 아닐 것
국내판매 요건 내국인이 직접 판매하고, 공급장소가 국내이며, 생산된 과세연도 또는 다음 과세연도에 판매할 것.  특수관계인에게 판매하는 경우 사업목적으로 거래한 사실을 확인하는 서류를 제출하고, 중고품이 아닐 것
공제금액 적격품목 판매량 × 품목별 공제액*
* 품목별 공제액은 생산비용·판매가격 등을 고려한 기준 공제금액에 지방우대계수와 적용연도별 비율을 반영하여 산정
지방우대계수 수도권 1.0, 비수도권 광역시 등·수도권 우대지역 1.1, 기타 비수도권·비수도권 광역시 등 우대지역 1.3, 기타 비수도권 우대지역 1.5
공제한도 ① 해당 과세연도 적격 생산비용의 50%와 ② 적격품목 생산에 직접 사용된 사업용 유형자산 투자누계액의 50%에서 직전 과세연도까지 받은 국내생산세액공제액을 차감한 금액 중 작은 금액
적용상 제한 수도권과밀억제권역 생산분은 적용이 배제되고, 조세특례제한법상 일정 세액감면과 중복하여 적용할 수 없음.  미공제 금액은 10년간 이월공제되며 최저한세 적용
점감구조 2034년에는 산정된 공제액의 75%, 2035년에는 50%, 2036년에는 25%를 적용한 후 2036. 12. 31. 일몰

※ 세부 적격품목, 핵심공정, 적격 생산비용, 국내지출 비중, 공급장소의 예외, 기준 공제금액 및 지역 구분 등은 대통령령에서 규정

동 개편안은 2027. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도 생산·판매분부터 적용되며, 적용기한은 2036. 12. 31.까지입니다.  한편, 적격품목 생산에 직접 사용된 자산에 대하여 2026. 12. 31. 이전 통합투자세액공제를 받은 내국인은 부과제척기간이 경과하기 전에 해당 공제를 취소하는 수정신고를 하고 국내생산세액공제를 신청할 수 있습니다.  이 경우 종전 공제세액 상당액과 이자상당액을 납부하여야 하나, 과소신고가산세 및 납부지연가산세는 부과되지 않으며, 동 취소신청 특례는 2027. 1. 1. 이후 신청하는 분부터 적용됩니다.


나. 자기주식 과세체계 정비

정부는 2026. 3. 상법 개정으로 자기주식의 성격이 자본으로 명확해지고 원칙적으로 취득일부터 1년 이내 소각이 의무화됨에 따라, 자기주식 과세체계를 자본거래로 일원화하는 개편안을 마련하였습니다.  이에 따라 법인이 주주로부터 자기주식을 취득하는 경우, 원칙적으로 취득 목적과 관계없이 주주가 지급받는 금액 중 해당 주식의 취득가액을 초과하는 부분을 의제배당으로 과세하고, 법인의 자기주식 처분이익과 처분손실은 각각 익금과 손금에 산입하지 않도록 하였습니다.

구분 현행 개정안
법인
과세		 자기주식 처분이익과 처분손실을 각각 익금과 손금으로 인식하여 과세(자산거래) 자기주식 처분이익과 처분손실을 각각 익금과 손금에 산입하지 않음(자본거래)
주주
과세		 소각 목적으로 자기주식을 취득하는 경우 법인의 자기주식 취득·소각 시 의제배당으로 과세하고, 처분 목적으로 취득하는 경우 법인의 자기주식 취득 시 양도차익에 대하여 과세 법인이 자기주식을 취득하는 경우 취득 목적과 관계없이 주주가 지급받는 금액 중 해당 주식의 취득가액을 초과하는 부분을 의제배당으로 과세(자본거래)

※ 거래소 또는 다자간매매체결회사가 개설한 증권시장을 통하여 자기주식을 취득하는 경우에는 의제배당 과세대상에서 제외되지만, 시간외 대량매매 또는 대량·바스켓매매를 통하여 취득하는 경우에는 의제배당 과세대상에 포함

그 밖의 자기주식 관련 정비사항은 다음과 같습니다.

구분 개정안
법인·주주 간
이중과세 조정		 법인의 이익소각 외 목적으로 이루어진 자기주식 취득에 따른 의제배당을 개인주주의 배당소득가산(Gross-up) 및 법인주주의 수입배당금 익금불산입 적용대상에서 제외
부당행위계산,
증여예시 유형 정비		 불균등한 자기주식 취득·처분을 법인세법상 부당행위계산 및 「상속세 및 증여세법」상 증여예시 유형에 포함
의제배당 귀속시기
명확화		 자기주식 취득에 따른 의제배당의 귀속시기를 법인이 대금을 지급하는 날로 규정

자기주식 취득에 따른 의제배당 과세 및 관련 조정은 2027. 1. 1. 이후 취득분부터, 법인의 자기주식 처분손익 익금·손금 불산입은 2027. 1. 1. 이후 처분분부터 적용됩니다.  불균등 거래 관련 규정은 2027. 1. 1. 이후 자기주식을 취득하거나 처분하는 분부터 적용되고, 2026. 12. 31. 이전 취득분의 의제배당 과세에는 종전 규정이 적용됩니다.


다. R&D·투자 세제지원 지방 우대

정부는 지역 균형발전을 지원하기 위하여 연구·인력개발비 세액공제와 통합투자세액공제 적용 시 기준 공제율에 대통령령으로 정하는 연구·인력개발비 발생지역별 또는 투자지역별 비율(지방우대계수)을 곱하는 방식으로 공제율을 차등화하는 개편안을 마련하였습니다.  이에 따라 비수도권 및 우대지역에 소재한 사업장에서 발생한 연구·인력개발비 또는 투자분에는 일반 수도권보다 높은 공제율이 적용되며, 지방우대를 적용받기 위해서는 지역별 사업장을 구분하여 경리하여야 합니다.

적용 공제율 = 기준 공제율 × 지방우대계수

구분 적용 지역 지방우대계수
① 수도권(우대지역 제외) 1.0
② 수도권 우대지역 및 비수도권 광역시 등(우대지역 제외) 1.1
③ 비수도권 광역시 등 우대지역 및 기타 비수도권(우대지역 제외) 1.3
④ 기타 비수도권 우대지역 1.5

※ 지방우대계수를 적용한 연구·인력개발비 세액공제율은 50% 한도
※ 비수도권 광역시 등과 우대지역의 구체적인 범위는 서울과의 거리, 인구 및 경제·사회여건 등을 반영한 행정안전부의 지방우대지수 등을 고려하여 대통령령에서 규정 

동 개편안은 2027. 1. 1. 이후 연구·인력개발비 발생 또는 투자분부터 적용됩니다.


라. 기타 주요 개정사항

그 밖에도 개편안에는 통합고용세액공제의 적용대상 조정, 국가전략기술·신성장원천기술 및 벤처투자 지원 강화, 사업재편 및 중소·창업기업의 성장 지원, 기업 비용처리 제도의 정비 등 법인사업자가 참고할 만한 개정사항이 포함되었습니다.  주요 내용은 다음과 같습니다.

개정사항 주요 개정내용 적용시기·기한
통합고용세액
공제 적용대상
합리화		 상시근로자 수가 증가한 기업에 적용하는 통합고용세액공제의 적용대상에서 대기업을 제외. 중소·중견기업의 기본공제는 현행대로 유지하되, 육아휴직 복귀자 추가공제는 2026. 12. 31. 적용기한 종료 대기업 적용대상 제외는 2027. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 경우부터 적용
국가전략기술·
신성장원천기술
지원		 ① 국가전략기술 수소 분야를 미래형 에너지 분야로 확대·개편하고 세부 기술은 대통령령으로 규정, ② R&D 세부기술 및 통합투자세액공제 대상 세부시설별 적용기한을 도입하고, 신성장사업화시설 등의 적용기한을 2029. 12. 31.로 설정 미래형 에너지 분야 확대는 2027. 1. 1. 이후 발생하는 R&D 비용 또는 투자분부터 적용
석유화학 산업
사업재편 지원		 ① 공급안정 목적 사업재편 석유화학기업의 미환류소득 과세율을 20%에서 10%로 인하, ② 금융채무 상환 또는 투자를 위한 자산양도차익의 5년 거치·5년 분할 익금산입 대상에 산업위기대응특별지역 소재 내국법인과 석유화학기업을 추가 2027. 1. 1. 이후 신고분부터 적용.  자산양도 과세특례는 2029. 12. 31.까지 적용
중소·창업기업
지원		 ① 중소기업 졸업 유예기간 종료 후 3년간 중소기업특별세액감면은 중기업 감면율의 50%, 영상·웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제는 12.5% 적용, ② 창업중소기업 세액감면의 지방우대를 강화하고 점프업* 중소기업과 청년 신산업** 중소기업을 우대유형에 추가

*유망중소기업 지원 패키지 사업(중기부)
**세부업종은 대통령령에서 규정

점감구조는 2027. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우부터 적용.  창업기업 감면율은 2027. 1. 1. 이후 창업·지정·확인·선정분부터 적용
벤처투자 지원 벤처투자회사 등의 벤처기업 주식 양도차익 비과세를 상시화하고 유상증자 등을 통한 투자대상기업의 주식취득기한 요건을 설립 후 7년 이내에서 10년 이내로 완화.  내국법인이 인구감소지역 등(수도권 인구감소관심지역은 제외)에 소재한 벤처기업에 직접 신규 출자하는 경우 세액공제율을 5%에서 7%로 상향 2027. 1. 1. 이후 주식을 취득하거나 출자하는 분부터 적용
친환경 업무용
승용차		 업무용 승용차의 감가상각비 및 처분손실 손금산입 한도를 현행 1대당 연 800만원에서 전기·수소차는 1,000만원으로 상향하고, 그 밖의 차량은 700만원으로 조정 2027. 1. 1. 이후 신규 취득하거나 임차하는 분부터 적용
기업업무추진비 적격증빙 없이 손금산입할 수 있는 건당 기준금액을 경조금은 20만원에서 30만원으로, 그 밖의 지출은 3만원에서 5만원으로 상향 시행령 시행일이 속하는 과세연도분부터

 

2. 시사점

이번 개편안은 국내생산세액공제의 신설과 R&D·투자 세제지원의 지방우대 등을 통하여 전략산업의 국내 생산과 비수도권 투자를 지원하는 한편, 자기주식 과세체계를 자본거래로 일원화하고 통합고용세액공제의 적용대상을 조정하는 등 기업 관련 세제지원 제도와 과세체계를 함께 정비하고 있습니다.  이에 따른 기업별 영향은 업종과 생산품목, 사업장 소재지, 기존 세액공제·감면의 적용 여부, 자기주식의 거래계획 등에 따라 달라질 수 있으므로, 각 기업은 개편안의 적용 가능성 및 예상 세부담 등을 사전에 검토할 필요가 있습니다.

특히 국내생산세액공제의 적용 가능성이 있는 기업은 적격품목 및 국내생산·판매 요건의 충족 여부를 검토하고, 공제액이 실제 판매량을 기준으로 산정되는 점을 고려하여 생산·판매 및 투자계획을 함께 점검할 필요가 있습니다.  또한 핵심공정의 국내 수행과 국내지출 비중을 입증할 수 있도록 원가항목별 국내·해외 지출을 구분하고, 생산비용 및 생산·판매량 관련 자료를 보관·관리하는 체계를 마련할 필요가 있습니다.  아울러, 국내생산세액공제와 통합투자세액공제를 중복하여 적용할 수는 없으므로, 보다 많은 공제를 받기 위해서는 설비투자액 규모, 생산비용 및 판매가격 수준, 지방우대 효과 등을 고려하여 양 제도에 따른 감면규모를 사전에 면밀히 검토·분석할 필요가 있겠습니다. 

자기주식을 보유하고 있거나 취득·처분을 계획하고 있는 법인 및 그 주주는 2026. 12. 31. 이전 취득분과 이후 취득분을 구분하여 관리하고, 상법상 소각기한과 세법상 적용시기를 함께 고려하여 향후 소각·처분계획을 수립할 필요가 있습니다.  나아가 향후 시행령 등 확정내용을 반영하여 주주별 원천징수 등 세무처리 체계를 마련하여야 합니다.