국세청은 2026. 4. 2. 한국경제인협회 초청 간담회에서 개청 60주년인 올해를 세무조사 '대전환의 원년'으로 공식 선포하고, 세무조사 운영방식 혁신안을 발표하였습니다. 이는 2025년 하반기부터 이어진 세무조사 방식 전반에 대한 변화의 연장선에 있습니다. 최근 주요 세무조사 제도개선 내용은 아래와 같습니다.

1. 정기 세무조사 시기선택제 전면 시행

정기 세무조사 대상자가 3개월 내에서 조사 착수 시기를 직접 선택할 수 있도록 하는 시기선택제를 2026년 4월부터 전면 시행합니다. 정기 세무조사 대상자는 국세청으로부터 시기선택제 안내문을 받고 3개월 범위 내에서 월 단위(1·2순위)로 조사 착수 시기를 선택할 수 있습니다. 국세청은 기업에게 선택에 따른 결과를 안내하고, 이어 현재와 같이 실제 조사 착수 20일 전까지 정식 사전통지를 별도로 발송합니다.

이를 통해 납세자는 결산·주주총회 등 경영상 민감한 시기를 피해 조사 일정을 조율할 수 있게 되었습니다. 종전에는 국세청이 일방적으로 지정한 시기에 즉각적으로 대응해야 했던 구조였다면, 이제는 조사 착수 전까지 일정한 준비 기간을 확보하여 사전 대응할 수 있게 되었습니다.

2. 중점검증항목 사전 공개

국세청은 세무조사 현장에서 반복적으로 과세처분이 이루어져 온 핵심 유형 10개를 '중점검증항목'으로 선정하였습니다. 최근 세무조사 결과를 분석하여 선별한 것으로, 유형별로 유의사항·실제 과세사례·Q&A 내용이 국세청 홈페이지에 공개되며, 조사 착수 시 안내자료로 제공됩니다. 구체적으로 다음과 같습니다.

<법인세(소득세)>

• 법인(사업용) 신용카드 사적 사용
• 대표자 등 개인계좌를 통한 매출신고 누락
• 정당한 사유 없이 매출채권 등 임의포기
• 근로 사실이 없는 가공인건비 계상
• 연구·인력개발비 부당세액공제
• 가지급금 등의 인정이자 계산 누락
• 자산화 요건 충족 비용을 당기 비용처리

<부가가치세>

• 사실과 다른 세금계산서 수수
• 부가가치세 과세·면세 구분 오류
• 개인적 공급 등에 대한 부가가치세 신고 누락

3. 국내투자 확대 외국계 기업에 대한 정기 세무조사 유예

국세청은 국내 투자 확대 외국계 기업에 대한 정기 세무조사를 최대 2년간 유예하겠다고 2025년 12월 발표하였습니다. 외국인투자촉진법에 따라 외국인이 투자하여 설립한 법인으로서, 세무조사 사전통지일이 속하는 사업연도에 전년 대비 10%(중소기업¹) 또는 20%(중견기업) 이상 투자금액²을 증가시킬 계획이 있는 기업이 유예대상입니다.

4. 현장 상주조사 최소화

전산장부·증빙의 보편화와 세무행정의 발전에 발맞추어 2025년부터 현장 상주조사를 최소화하게 되었습니다. 기업 상주 현장 조사는 납세자가 오히려 현장 상주조사를 원하거나 자료 제출 부실 등 예외적 사유가 인정되는 경우에만 제한적으로 시행됩니다.

[참고] 상세한 내용은 국세청 홈페이지(nts.go.kr) 보도자료(“정기 세무조사, 4월부터 납세자가 원하는 시기에 받는다”)를 통해 확인하실 수 있습니다.

¹ 조세특례제한법상 중소기업·중견기업.
² 조세특례제한법 제24조(통합투자세액공제)의 투자금액.