1. 개요¹

조사청은 쟁점거래처를 세무조사하고 그에 따른 과세처분을 하면서, 거래상대방인 청구인들이 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 과다 수취하였다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였습니다. 이후 쟁점거래처에 대한 과세처분은 위법한 세무조사에 터잡았다는 이유로 위법하다는 심사결정이 나왔습니다. 구체적으로는 쟁점거래처 사업장의 컴퓨터로부터 전자파일 등(이하 “쟁점파일 등”)을 확보한 과정이 위법하다는 것입니다. 이에 청구인들은 쟁점파일 등에 터잡은 과세처분 및 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 내었습니다. 쟁점은 ‘위법한 세무조사로 얻은 과세자료를 근거로 거래상대방인 청구인들에게 세금을 매길 수 있는가’입니다. 

2. 결정의 요지

처분청은 청구인들의 사업장은 쟁점세무조사의 대상이 아니므로 청구인들이 적법절차 위반을 주장할 수는 없고, 청구인들에게 사실관계 확인을 위한 충분한 소명기회를 주었고 청구인들이 수정신고까지 하였다고 주장하였습니다. 나아가 국세기본법에 따로 명문규정이 없는 이상 형사절차상 위법수집증거 배제법칙이 세무조사에 그대로 적용된다고 볼 수도 없을 뿐만 아니라 실체에 맞는 과세처분을 못한다면 공평과세의 원칙에 어긋난다고 주장하였습니다. 

이에 대하여 조세심판원은 행정처분에 이르는 일련의 절차에 위법사유가 있는 경우 그 처분의 효력에도 당연히 영향을 미치며, 헌법에서 정한 적법절차의 원칙은 개인의 생명·자유·재산을 보호하기 위한 기능과 함께 공무원의 위법행위를 억제한다는 기능도 수행하는 것이어서 조세행정의 영역에도 당연히 적용된다고 보았습니다. 이어 조사청 및 처분청은 쟁점파일 등의 자료를 기초로 세금계산서가 과다하게 발급되었다는 사실을 파악한 것으로 보이는 점, 조사청은 쟁점파일 등이 없었다면 조사과정에서 세금계산서 과다발급에 대해 질의할 수조차 없었을 것으로 보이는 점, 조사청은 청구인들에 대해 별도의 세무조사를 한 사실이 없는 점, 청구인들과 동일한 방식으로 쟁점세무조사에 의해 파생된 과세자료에 근거하여 그 거래처에 부가가치세가 부과된 사건에서 법원은 위와 동일한 사유로 해당 과세처분을 위법한 절차에 따른 위법한 처분으로 판단한 점² 등을 들어 청구인들에게 종합소득세를 부과한 처분들은 잘못이 있다고 결정하였습니다. 나아가 청구인들이 과세자료 내용을 인정하고 스스로 부가가치세 수정신고를 한 경우에도 수정신고의 근거가 위법하므로 경정청구는 인용해야 한다고 결정하였습니다. 

3. 시사점

국세기본법 및 세법에는 형사소송법 제308조의2에 명문으로 규정된 위법수집증거 배제원칙과 같은 규정이 없으며, 세무조사는 행정절차로서 행정소송은 형사소송과는 차이가 있으며, 특히 실질과세원칙이 중시되는 조세심판에서 적법절차 원칙을 엄격하게 적용한 사례는 많지 않았던 것으로 보입니다.

이에 더하여, 위법하게 수집한 과세자료의 직접적인 당사자가 아니라, 그 거래상대방으로서 적법절차를 이유로 과세처분 취소를 구하여 인정받기는 쉽지 않아 보임에도, 조세심판원이 헌법상의 적법절차 원칙에 근거하여 과세처분 취소 결정을 하였습니다. 

¹ 조심 2025구3368, 2026. 4. 20
² 대구지방법원 2025. 11. 13. 선고 2025구합20480 판결.