1. 개요1
청구법인의 완전자회사인 A사는 2021. 11. 1. 다른 완전자회사인 B사를 무증자 흡수합병(이하 “쟁점합병”)하였습니다. B사의 자산·부채는 장부가액으로 A사에게 넘어갔고, 청구법인은 소멸한 B사 주식의 취득가액을 손금산입하기 위한 경정청구를 내었으나 국세청은 손금산입을 거부하였습니다. 청구법인의 주장은 쟁점합병이 청구법인에 미치는 유일한 법적 효과는 B사 주식이 사라졌다는 것뿐이니 손금산입할 수 있다는 것입니다. 국세청은 자회사의 자산가치 전체에 아무런 변동이 없이 B사 사업이 그대로 A사에게 넘어가서 전체적으로 경제적 손실이 없으며 주주로서 가지는 지배권에도 변동이 없으니 청구인에게 손금이 생길 수 없다고 보았습니다.
2. 결정의 요지
조세심판원은, B사 주식 대신 A사 주식(합병신주)을 받는 것이 아닌 무증자합병으로 B사 주식이 소멸한 것은 순자산 감소로 손금에 해당한다고 보았습니다. B사 주식의 종래 취득가액이 A사 주식에 옮겨붙어야 한다는 국세청 주장에 대해서는 A사 주식을 임의평가증한다는 주장이므로 틀렸다고 보았습니다. 이 사건 이후 개정된 법인세법 시행령2은 B사 주식의 가액을 A사 주식에 옮겨 붙이게 정하고 있지만, 본 시행령 조항은 창설적 규정이라고 보았습니다.
3. 시사점
입법론적 관점에서 본다면 현행 법처럼 B사 주식의 가액이 A사 주식에 옮겨 붙는 것이 당연합니다. 본 사례와 같은 입법 불비를 해석론으로 막을 수 있는지가 쟁점입니다. 이에 대하여 막지 못한다는 것이 이 결정입니다. 한편 대법원 판결3은, 합병신주의 시가가 구주의 취득가액보다 낮은 경우 그 차액을 손금산입할 수 없다고 합니다. 합병은 아니지만 상법상의 조직변경에 관한 헌법재판소 결정4은 구주식 대신 받는 새 주식의 시가가 구주식 취득가액보다 낮은 경우 그 차액을 손금산입하지 않아도 합헌이라고 합니다. 이번 심판결정례는 무증자합병에 관한 것이니 대법원 판결과 사안이 다르다고 구별할 수 있을까요? 완전자회사 둘을 합병시키면서 증자를 할까 말까를 기업이 마음대로 정할 수 있는 이상, 이번 심판결정이 법해석론으로 옳은가는 따져볼 문제입니다.
1 조심 2024서3654, 2026. 5. 28.
2 2024. 2. 29. 대통령령 제34266호로 개정된 법인세법 시행령 제72조 제5항.
3 대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결.
4 헌법재판소 2007. 3. 29. 2005헌바53등 결정.




