2026. 8. 3. 세제발전심의위원회를 거쳐 재정경제부가 2026년 세제개편안(이하 ‘개편안’)을 발표하였습니다. 개편안은 2026. 8. 20.까지 입법예고를 거친 후 국무회의 의결을 거쳐 9월 초 정기국회에 제출되었습니다. 향후 올해 12월까지 진행되는 국회 심의 과정에서 세부 내용이 조정될 수 있으므로 후속 입법 과정을 지속적으로 주시할 필요가 있습니다. 자산과세 분야의 주요 개편 내용은 앞서 게재한 ｢2026년 세제개편안 II: 자산과세 분야｣ 뉴스레터를 참고하시기 바랍니다.

다만, 개편안 발표 후 정부안이 확정되어 국회에 제출되는 과정에서 일부 내용이 종전 제도로 환원되거나 수정되었습니다. 이하에서는 개편안 가운데 파급효과가 큰 장기보유특별공제 개편과 함께 수정 경과를 주목할 필요가 있는 주택분 종합부동산세 개편 및 이른바 ‘주가 누르기’ 방지를 위한 상장주식 평가방법 개편을 살펴보겠습니다.

 

▶ 장기보유특별공제 개편에 따른 고가주택의 양도소득세 부담 급증 예상1

  • 정부는 주택 양도 시 적용되는 장기보유특별공제를 실제 거주기간을 중심으로 한 ‘장기거주소득공제’로 전환하고, 주택 외 토지·건물 등에는 ‘장기보유소득공제’를 적용할 계획입니다.
  • 주택의 경우 2027년까지는 현행 제도를 유지하되, 2028년에는 1세대 1주택자의 보유기간 공제율을 연 2%(최대 20%)로 낮추고 거주기간 공제율을 연 6%(최대 60%)로 높입니다. 2029년부터는 보유기간 공제를 폐지하고 거주기간에 대해서만 연 8%, 최대 80%를 공제합니다. 비조정대상지역 다주택자의 경우에도 현행 보유기간 연 2%(최대 30%)의 공제 방식에서 2028년에는 보유기간 연 1%(최대 15%) 또는 거주기간 연 2%(최대 30%)의 공제 방식으로 전환되고, 2029년부터는 거주기간에 대해서만 연 2%, 최대 30%의 공제가 적용됩니다.
  • 특히 장기보유특별공제액은 2028년에는 인별 연간 및 양도물건별로 각각 20억 원, 2029년부터는 각각 10억 원을 한도로 인정될 예정입니다. 이에 따라 고가주택 중 양도차익이 큰 주택은 양도소득세 부담이 매우 크게 증가할 수 있으므로, 보유주택의 양도차익 규모와 향후 보유∙거주 계획 등을 고려하여 2027년 말 이전 양도 여부를 검토할 필요성이 커졌습니다.
 

 

▶ 주택분 종합부동산세 기본공제금액 조정2 및 세부담 상한 유지3

  • 실거주 1주택자에 대한 주택분 종합부동산세의 기본공제금액을 기존 12억 원에서 14억 원으로 상향하는 내용은 개편안대로 유지되었습니다. 반면 비거주 1주택자의 기본공제금액은 당초 개편안과 달리 현행과 동일한 12억 원으로 유지됩니다. 
  • 비거주 부부 공동명의 1주택자의 기본공제금액은 부부 각 6억 원으로 조정됩니다(현행 각 9억 원, 당초 개편안 각 4억 원). 실거주하는 부부 공동명의 1주택자의 경우에는 현행과 같이 부부 각각 9억 원의 기본공제가 적용됩니다.
  • 이상의 수정은 비거주 1세대 1주택자와 부부 공동명의 1주택자의 종합부동산세 부담을 조정하기 위한 것입니다.
  • 주택분 및 토지분 종합부동산세의 세부담 상한은 현행과 같이 150%로 유지됩니다.
 

 

▶ ‘주가 누르기’ 기업에 대한 상장주식 평가방법 신설4

  • 정부는 상장주식을 ‘평가기준일 이전·이후 각 2개월간의 종가 평균액’으로 평가하는 현행 방식이 상속∙증여를 앞둔 기업의 의도적인 ‘주가 누르기’를 유발할 수 있다는 지적에 따라 상장주식 평가방법을 개편할 예정입니다. 최근 13개 반기 중 12개 반기의 PBR5이 해당 업종의 하위 25%(코스피) 또는 하위 10%(코스닥)에 해당하는 등 일정한 요건을 충족하는 경우에는 ‘평가기준일 이전·이후 각 2개월간의 종가 평균액에 1.3을 곱한 금액’ 등을 기준으로 평가하도록 하는 내용입니다.
  • 당초 민주당 개정안과 같이 PBR 0.8배를 최저 평가액으로 설정하는 방안 등을 포함하여 해당 개편안을 전면 재검토하는 방안도 논의되었으나, 정부안은 원안대로 국회에 제출되었습니다. 다만 재정경제부는 향후 의견수렴 등을 거쳐 정기국회 심사 과정에서 추가적인 개선안을 마련할 예정이라고 밝혔습니다. 

 

1 소득세법 제95조.
2 종합부동산세법 제8조 제1항.
3 종합부동산세법 제15조.
4 상속세 및 증여세법 제63조 제5항 신설, 동법 시행령 제52조의2.
5 시가총액을 회계상 순자산가치로 나눈 값.