2026. 1. 16. 2025년 개정세법에 대한 시행령 개정안(이하 ‘시행령 개정안’)이 발표되었습니다. 시행령 개정안은 2026. 2. 5.까지 입법예고를 거쳐 2월 중에 공포·시행될 예정입니다. 법인과세 분야의 주요 개정사항 및 그 시사점은 다음과 같습니다.

1. 주요 개정사항

가. 미래전략산업 지원 강화 및 기업경쟁력 제고

(1) R&D 세액공제 대상 기술 및 비용 범위 확대

국가전략기술 및 신성장·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제를 강화하기 위해 대상 기술의 범위를 확대하고, 인공지능(AI) 분야 지원을 위해 관련 비용을 공제 대상에 포함시켰습니다.

위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용됩니다.

(2) 통합고용세액공제 제도 합리화⁴

기업 규모에 따른 고용 창출 효과를 제고하기 위해 중견·대기업의 경우 일정 규모 이상의 고용 증가분에 대해서만 세제혜택을 적용하도록 기준을 정하였습니다.

① 최소고용증가 인원수 도입: 중견기업은 5명, 대기업은 10명을 초과하는 고용 증가분에 대해서만 통합고용세액공제가 적용됩니다.

② 청년 판단기준 완화: 근로계약 체결 당시 34세 이하인 경우, 이후 연령이 증가하더라도 계약 체결일로부터 4년(대기업은 3년)간 청년으로 간주하여 우대공제가 적용됩니다.

위 개정 사항이 확정될 경우 ①은 2026. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도 분부터, ②는 시행령 개정안 시행일 이후 신고하는 분부터 적용됩니다.

(3) 내국법인의 외국자회사 주식 등 현물출자 시 과세이연 특례 구체화⁵

조세특례제한법(이하 ‘조특법’) 제38조의4에 따라 해외사업 구조조정을 지원하기 위해 내국법인이 외국자회사 주식을 다른 외국법인에 현물출자하여 발생하는 양도차익에 대해 4년 거치 3년 분할 익금산입 특례를 적용함에 있어서, (ㄱ) 피출자법인이 외국자회사 주식을 50% 이상 처분하거나 내국법인이 피출자법인 주식을 50% 미만으로 보유하게 되는 경우 과세이연이 종료됩니다. (ㄴ) 주식처분비율이 50% 미만인 경우에는 현물출자로 발생한 양도차익 중 익금에 산입하지 않은 금액에 대해 해당 사업연도에 처분한 주식 비율만큼 익금 산입합니다.

위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 현물출자하는 분부터 적용됩니다.

나. 자본시장 활성화 및 벤처투자 세제지원 강화

기업의 배당 확대를 유도하여 주식시장 활성화를 촉진하기 위한 고배당기업 분리과세 특례제도와 투자·상생협력 촉진세제의 세부적인 기준을 마련하였습니다.

(1) 고배당기업 배당소득 분리과세⁶

조특법 제104조의27은 배당성향이 40% 이상이거나 25% 이상이면서 이익배당금이 10% 이상 증가한 기업을 고배당기업으로 규정하고 있는데, 시행령 개정안은 배당성향을 연결재무제표 기준으로 산정하도록 구체화하였습니다. 또한 고배당기업에서 유동화전문회사는 제외하며, 현금배당만을 기준으로 해당 여부를 판단하도록 하였습니다.

위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 배당받는 분부터 적용됩니다.

(2) 투자·상생협력 촉진세제 개편⁷

미환류소득에 대한 법인세 추가 과세 시, 환류 대상에 ‘현금배당’을 추가하고 기업소득 환류비율을 상향(투자포함형 80%, 투자제외형 30%)하며, 기업소득 가산항목에 (외국자회사) 수입배당금 익금불산입액·법령상 의무적립금 환입액을 추가하여 배당을 통한 소득 환류를 촉진합니다.

위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 소득 분부터 적용됩니다.⁸

다. 지역성장 지원 및 과세체계 합리화

(1) 기업의 지방이전 및 위기지역 투자 지원

• 본사 지방이전 사후관리 강화⁹: 수도권 밖으로 본사를 이전한 후 수도권에 일정 규모 이상의 사무소를 두는 경우, 감면세액 추징 기준이 되는 본사업무 종사자 비율을 50%에서 40%로 강화하여 제도의 실효성을 제고하였습니다.
  
  위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 공장·본사를 이전하는 분부터 적용됩니다.

(2) 부동산 관련 과세특례 합리화

• 미분양주택 세제지원¹⁰: CR리츠가 취득하는 비수도권 미분양주택에 대한 법인세 추가과세 배제 및 종부세 합산배제 적용기한을 2026년말까지 연장하였습니다.
  
  위 개정 사항이 확정될 경우 시행령 개정안 시행일 이후 양도하는 분부터 적용됩니다.

• 프로젝트 리츠 현물출자¹¹: 내국법인이 프로젝트 리츠에 토지·건물을 현물출자하는 경우 적용되는 법인세, 양도소득세 과세이연 제도와 관련하여, 취득한 주식을 50% 이상 처분하거나 리츠 해산 시 이연된 세액을 전부 납부하도록 구체화하고, 처분 비율이 50% 미만일 때는 처분비율만큼 계산한 세액을 납부하도록 하였습니다(이자상당가산액 일 0.022% 포함).
  
  위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 현물출자하는 분부터 적용됩니다.

(3) 법인세 과세체계 정비

• 가상자산 평가방법 변경¹²: 법인의 가상자산 평가방법을 기존 선입선출법에서 ‘총평균법’으로 변경하여 단시간 내 빈번한 거래가 일어나는 가상자산의 특성을 반영하였습니다.
  
  위 개정 사항이 확정될 경우 2027. 1. 1. 이후 거래하는 분부터 적용됩니다.

• 외국은행 국내지점 간주자본세제 개선¹³: 외국은행 국내지점에 대해 과소자본세제 적용에 따른 지급이자 부인액이 없는 경우에는 간주자본세제 적용을 배제하도록 개정하였습니다.
  
  위 개정 사항이 확정될 경우 시행령 개정안 시행일 이후 신고하는 분부터 적용됩니다.

• 조특법상 상시근로자에서 제외되는 총급여액 기준 상향¹⁴: 상시근로자에서 제외되는 근로자의 총급여액 기준이 각종 세액공제(투자·상생협력 촉진세제, 근로소득 증대 기업 세액공제 등) 별로 각각 달랐으나, 이를 ‘8천만원 이상’으로 통일하여 납세자의 혼란이 방지될 것으로 기대됩니다.
  
  위 개정 사항이 확정될 경우 시행령 개정안 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용됩니다.

2. 시사점

이번 법인과세 분야 시행령 개정안에는 2025년 개정세법에 따라 신설된 과세특례의 위임사항 및 정부의 2026년 경제성장전략의 세부정책사항이 포함되었고, 실무적인 과세 합리화 방안들이 다수 포함되어 있습니다.

이번 시행령 개정안에 따른 국가전략기술 및 신성장·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 범위 확대, 통합고용세액 공제대상 및 상시근로자 판단 기준 변경에 따라 세액공제 범위가 변동될 수 있으므로 전문가의 도움을 받아 감면요건 및 시행시기, 사후관리 규정 등을 면밀하게 점검해 볼 필요가 있습니다.

¹ 조특법 시행령(이하 ‘조특법 시행령’) 별표7의2
² 조특법 시행령 별표7
³ 조특법 시행령 제9조 제3항, 제9조 제7항, 별표6
⁴ 조특법 시행령 제26조의8 제3, 4항
⁵ 조특법 시행령 제35조의6 신설
⁶ 조특법 시행령 제104조의24 제1, 2, 4, 5, 7, 8항 신설
⁷ 조특법 시행령 제100의32 제4, 5, 8항 신설
⁸ 외국자회사 수입배당금 익금불산입액은 2027. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 소득 분부터 적용
⁹ 조특법 시행령 제60조의2 제13항
¹⁰ 법인세법 시행령 제92조의2 제2항
¹¹ 조특법 시행령 제97조의9 신설
¹² 법인세법 시행령 제77조
¹³ 법인세법 시행령 제129의3 제4항 신설
¹⁴ 조특법 시행령 제17조 제1항, 제26조의4 제2항