2026. 1. 16. 2025년 개정세법에 대한 시행령 개정안(이하 ‘시행령 개정안’)이 발표되었습니다. 시행령 개정안은 2026. 2. 5. 까지 입법예고를 거쳐 2월 중에 공포·시행될 예정입니다. 국제조세 분야의 주요 개정사항 및 그 시사점은 다음과 같습니다.

1. 주요 개정사항

가. 내국추가세 도입에 따른 세부사항 규정¹

이번 시행령 개정을 통해 글로벌최저한세(Pillar 2) 내국추가세 관련 세부 시행 규정이 마련됩니다.

구체적으로 국외 본점이 국내 지점 소득에 대해 회계상 인식한 대상조세나, 해외 주주기업이 국내구성기업의 배당 등에 대해 회계상 인식한 대상조세 등은 우리나라 내국추가세액 계산 시 조정대상조세에서 제외됩니다. 또한 고정사업장에서 발생한 소득에 대해 어느 국가에서도 과세하지 않는 이른바 '제4형 고정사업장'이 내국추가세 적용 범위에 포함됩니다. 

또한, 각 국내구성기업에 대한 내국추가세액의 배분방식 중 법정배분 방식의 세부 기준이 마련됩니다.² 시행령 개정안에서는 법정배분 방식은 내국추가세액을 각 국내구성기업의 글로벌최저한세소득을 기준으로 배분하는 것을 원칙으로 하고 있으며, 그 외 해당 사업연도에 다국적기업그룹의 순글로벌최저한세소득은 없으나 과거 사업연도의 실효세율이나 내국추가세액을 재계산하는 등의 사유로 당기내국추가세액가산액이 발생한 경우의 배분방식에 대해서도 별도로 규정하고 있습니다(예: 각 국내구성기업의 해당 가산액 발생사유가 발생한 과거 사업연도의 글로벌최저한세소득 금액을 기준으로 배분 등). 

위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용됩니다.

나. 전환기적용면제 적용기한 연장³

최근 발표된 OECD 글로벌최저한세 합의내용(Side-by-Side Package)에 따라 전환기 적용면제 기한이 1년 연장되었습니다. 이에 따라 사업연도 개시일이 2027년에 속하는 경우에도 간이 실효세율이 17% 이상이라면 글로벌최저한세 추가세액을 면제받을 수 있습니다.

다. 정상가격 산출방법 사전승인 신청 관련 부분세무조사 범위 확대⁴

일반적으로 세무조사는 납세자의 정상가격 산출방법 사전승인(“APA”) 신청에 의하여 중단되지 않습니다. 다만, 세무조사 사전통지 전에 APA가 신청된 경우에 한하여, APA 대상기간의 국제거래에 대한 이전가격 조사를 유예할 수 있습니다.⁵

이번 시행령 개정안은 APA 신청 후 취소·철회 또는 절차가 중단된 경우에는 해당 신청내용을 확인하기 위하여 부분세무조사를 할 수 있도록 명시적으로 규정하여 APA 신청에 따른 이전가격 조사 유예가 부당하게 장기화되지 않도록 하였습니다. 

위 개정 사항이 확정될 경우 시행령 시행일 이후 세무조사를 개시하는 분부터 적용됩니다.

라. 외국법인의 연락사무소 현황명세서 제출의무 불이행 과태료 구체화⁶

2025년말 개정된 법인세법에 따르면 2026년부터 외국법인의 연락사무소가 현황명세서(연락사무소 기본사항, 외국법인 본점과의 거래 현황 및 국내 다른 지점 현황 등을 기재한 서식)를 제출하지 아니하거나 거짓으로 제출하고, 이에 대한 과세관청의 시정명령을 이행하지 아니한 경우에는 최대 금 1,000만원까지 과태료가 부과될 수 있습니다. 

이번 시행령 개정안은 위 법인세법상 과태료 금액을 법이 정한 범위 내에서 금 500만원으로 정하였습니다.

위 개정 사항이 확정될 경우 2026. 1. 1. 이후 제출의무를 이행하지 아니하는 분부터 적용됩니다.

2. 시사점

이번 시행령 개정안에서는 내국추가세 세부 규정 등을 통해 글로벌최저한세 제도를 정밀하게 정비하는 한편, 전환기 적용면제를 1년 연장하여 기업의 이행 부담을 완화했습니다. 또한, APA 신청 취소 시 부분세무조사가 가능하도록 하였는데 이는 세무조사 유예 제도가 남용되는 것을 방지하고자 하는 세무관서의 의도가 반영된 것으로 보입니다.

글로벌최저한세 관련 쟁점이 있거나 APA 절차를 진행 중인 기업은 시행령 시행 후 발생할 수 있는 세무 리스크를 사전에 점검하고 전문가의 자문을 통해 철저히 대비할 필요가 있습니다.
 

¹ 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제125조의 3 내지 제125조의 8
² 다국적기업그룹은 법정배분 방식과 지정배분 방식 중에서 선택하여 각 국내구성기업에게 내국추가세액을 배분할 수 있습니다(국제조세조정에 관한 법률 제73조의7 제2항).
³ 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제138조
⁴ 국세기본법 시행령 제63조의 12
⁵ 국제조세사무처리규정 제81조
⁶ 법인세법 시행령 별표2

[English version] Proposed Amendments to the Enforcement Decree of the Tax Law (International Taxation)