통합허가 대상업종 확대에 따른 기업의 대응 방안

기후에너지환경부는 최근 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」(이하 “환경오염시설법”) 시행령·시행규칙 일부개정안을 입법예고했습니다. 이번 개정안의 핵심 내용은 통합허가를 받아야 하는 업종의 범위를 대폭 확대하는 것입니다.

개정안에 따르면 2028년 1월 1일부터 ▲비알코올 음료 및 얼음 제조업, ▲동·식물성 유지 및 낙농제품 제조업, ▲기타 식품 제조업이 새롭게 추가됩니다. 이어서 2029년 1월 1일부터는 ▲자동차용 엔진 및 자동차 제조업, ▲일차전지 및 이차전지 제조업, ▲판유리 제조업, ▲고무제품 제조업으로 확대될 예정입니다. 개정 시행령은 2026년 12월 10일 시행될 예정이며, 새로 편입되는 대상 사업장은 7개 업종, 175개소로 예상됩니다.

※ 기존 사업장에 대한 통합허가 유예기간은 향후 입법 과정에서 변경될 수 있으므로, 이에 따른 통합허가 완료기한을 지속적으로 확인해야 합니다.

이와 함께 이번 개정안에는 기업의 부담을 덜어주는 장치도 담겼습니다. 첫째, 법률 개정으로 통합허가대행업자가 연간보고서 작성을 대행할 수 있게 됨에 따라, 연간 보고서 작성을 대행하기 위하여 통합허가대행업자가 충족해야 하는 기술인력 및 시설ㆍ장비 기준이 마련되었습니다. 둘째, 연간 보고서 작성을 대행하는 통합허가대행업자가 사업장을 정밀 진단한 결과를 연간보고서와 함께 제출할 경우 사업장에 대한 정기검사 주기를 현행 최대 3년에서 최대 5년까지 완화할 수 있습니다. 셋째, 상시근로자 50인 미만 중소기업은 환경 분야 8년 이상 경력과 관련 교육 이수 요건을 갖춘 사람을 통합환경관리인으로 선임할 수 있고, 중견기업으로 전환된 뒤에도 1년간 같은 기준이 적용됩니다.

이번 개정안이 시행되면, 그동안 통합허가 대상이 아니었던 사업장도 위 업종에 해당하고 법정 규모 기준을 충족할 경우 새롭게 통합허가 대상이 됩니다. 기존 사업장에는 일정한 허가 준비기간이 부여되는 반면, 업종별 적용일 이후 새로 설치되는 대상 사업장의 배출시설에는 기존 사업장에 대한 유예기간이 적용되지 않으므로, 공장 신설이나 증설을 계획하는 기업은 해당 시설의 허가 필요 여부와 소요 기간을 투자 일정에 미리 반영해야 합니다. 이번 뉴스레터에서는 통합허가 취득 절차 및 그 과정에서 기업이 관리해야 할 주요 리스크를 살펴보겠습니다.

1. 통합허가제도란?

통합허가제도는 사업장에서 발생하는 오염물질을 효과적으로 줄이기 위해 기존의 대기, 수질, 소음·진동, 토양, 폐기물 등 매체별로 분산되어 있던 인허가 체계를 하나의 절차로 통합 관리하는 제도입니다.

환경에 미치는 영향이 큰 업종 중 일정 규모 이상(예: 연간 대기오염물질 20톤 이상 발생 또는 일일 폐수 700m³ 이상 배출)의 사업장은 기후에너지환경부장관으로부터 통합허가를 받아야 합니다. 환경오염시설법은 기존 개별 매체별 환경법령(대기환경보전법, 물환경보전법 등)에 우선하여 적용되므로 통합허가를 받으면 개별 매체법상 허가·신고를 받은 것으로 보는 등 관련 인허가가 통합되지만, 환경오염시설법상의 통합허가 범위에 포함되지 아니한 그 밖의 개별법상 인허가는 그렇지 아니합니다.

또한, 기후에너지환경부장관은 통합허가 시 사업장별 특성에 맞는 '맞춤형 허가조건'을 부과할 수 있습니다. 이에 따라 기업은 사업장 전체의 오염물질 배출과 시설 운영을 허가조건에 맞추어 관리하여야 합니다.

통합허가 대상 여부는 한국표준산업분류에 따른 업종과 사업장의 대기 또는 수질 배출시설 규모(1·2종)를 기준으로 판단하므로, 여러 제품을 함께 생산하거나 2024년 표준산업분류 개정으로 분류가 바뀐 사업장은 개정안 [별표 1]의 세부 업종 범위에 해당하는지 미리 확인할 필요가 있습니다.

2. 통합허가 취득 절차 및 단계별 중점 관리사항

[1단계] 통합허가 준비

통합허가를 준비하려면 시설 현황을 정확히 파악하고, 배출시설 및 방지시설의 설치·운영계획과 최적가용기법(BAT) 적용방안을 담은 “통합환경관리계획서”를 작성해야 합니다. 본허가 신청 전에 사전협의를 신청하여 주요 쟁점과 보완 필요사항을 미리 확인할 수도 있습니다.

이 단계에서는 원재료 반입부터 제품 출하까지 전체 공정을 도식화하고, 공정별 배출시설·방지시설과 오염물질 발생·배출지점을 빠짐없이 파악해야 합니다. 이는 계획서 작성뿐 아니라 이후 허가조건과 허가배출기준을 협의하는 기초자료가 됩니다.

개별 매체법상 행정처분·명령과 이행 현황도 정리해야 합니다. 특히 미이행 개선명령·정화명령 등은 통합허가조건에 반영될 수 있으므로, 이행 상태와 보완계획을 확인해야 합니다.

비용과 인력 계획도 미리 세워야 합니다. 대상업종 확대와 관련한 정부 연구용역에서는 업종별로 비용 부담의 양상이 다를 수 있다고 보았습니다. 예컨대 자동차·유리 제조업은 저NOx 버너, 고성능 집진기 등 초기 설비투자 부담이 크고, 이차전지 제조업은 화학물질 처리설비 투자와 운영비가 모두 높은 ‘이중 부담형’, 식품·음료 업종은 단위 설비투자는 작지만 폐수·악취 관리 등 운영비가 누적되는 유형으로 분석하였습니다. 여기에 자가측정·보고 확대, 환경 전담인력, 외부 컨설팅 비용도 함께 고려해야 합니다.

[2단계] 허가 신청 및 허가조건 협의

통합환경관리계획서를 제출하면 기후에너지환경부장관은 전문적인 기술검토를 거쳐 통합허가 여부, 허가배출기준 및 허가조건을 결정합니다. 사업장의 업종·시설, 주변 환경에 미치는 영향 및 최적가용기법의 적용 가능성이 함께 검토되며, 미이행 중인 환경 관련 명령의 이행사항이 허가조건에 포함될 수도 있습니다.

허가조건은 허가 후 사업장이 계속 준수해야 하는 구체적인 법적 의무입니다. 특히 허가조건을 준수하지 아니할 경우 행정처분 기준에 따라 허가 취소, 배출시설등의 폐쇄 또는 6개월 이내의 조업정지, 사용중지 등 행정제재가 내려질 수 있습니다(환경오염시설법 제22조).

따라서 현장의 설비 여건 및 운전방식에 맞게 허가조건을 부여받을 수 있도록 허가 신청 단계에서부터 예상되는 허가조건의 법적 근거와 타당성을 검토하고, 허가조건의 목적과 이행기준을 명확히 할 필요가 있으며, 기후에너지환경부와의 충분한 사전 협의가 필요합니다.

영업비밀 보호에도 대비해야 합니다. 환경오염시설법 제27조에 따라 허가·변경허가의 신청 및 결정에 관한 정보, 연간보고서 등은 통합환경허가시스템(IEPS)을 통한 정보공개 대상이 됩니다. 허가검토결과서와 연간보고서에 담기는 정보가 방대하고 세부적이어서 원료 배합비 등을 유추할 수 있다는 우려가 꾸준히 제기되어 왔고, 이번 신규 업종 중에서도 경쟁사가 적은 판유리 업계와 사업장별 공정정보가 민감할 수 있는 자동차 업계에서 노하우 유출에 대한 우려가 제기되었습니다. 기업은 영업비밀에 해당하는 정보에 관해 법령상 정보보호 요청을 할 수 있으므로, 계획서 작성 단계부터 공개 가능 정보와 보호가 필요한 정보를 구분해 둘 필요가 있습니다.

[3단계] 통합허가 취득 후 사후관리

통합허가를 받은 뒤 배출시설 및 방지시설 등을 가동하려면 먼저 “가동개시 신고”를 해야 합니다. 관할 지방환경관서는 현장 확인을 거쳐 신고 수리 여부를 결정합니다.

가동 이후에는 허가조건을 준수하면서 관할 지방환경관서의 정기검사와 필요한 경우 실시되는 수시검사에 대비해야 합니다.

특히 허가조건을 서류상으로만 관리하지 말고 설비 운전·점검 절차에 반영해야 하며, 공정·시설·원료 또는 연료 등을 변경하기 전에 변경허가나 변경신고 대상인지 확인해야 합니다.

연간보고서 작성을 대행업자에게 맡기더라도 관리를 소홀히 해서는 안 됩니다. 이번 개정안은 대행업자의 연간보고서 작성을 허용하는 한편, 거짓 작성에 대한 대행업자의 책임도 강화할 예정입니다. 연간보고서는 사업장의 허가조건 이행 실적을 보여주는 자료이며, 요건을 충족한 경우 정기검사 주기 연장을 판단하는 자료로도 활용될 수 있으므로, 작성을 맡긴 사업장도 제출 전 그 내용을 확인할 필요가 있습니다.

통합허가는 한 번 받으면 끝나는 것이 아닙니다. 기후에너지환경부장관은 허가 후 5년마다(일정 요건을 갖춘 경우 최대 8년) 허가조건과 허가배출기준을 재검토하고 필요하다고 인정되면 사업자의 의견을 들어 이를 변경할 수 있습니다(환경오염시설법 제9조). 따라서 평소부터 허가조건 이행 실적과 배출 데이터를 체계적으로 관리하고, 재검토 과정에서 허가조건 변경의 필요성에 관한 의견을 제시하거나 이행이 완료된 조건의 조정을 요청하는 등 지속적인 관리가 필요합니다.

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이번 시행령 개정안이 시행되어 통합허가 대상업종이 확대되면, 그동안 개별 매체법상 인허가만 관리해 온 기업들도 환경오염시설법(통합허가제도)의 적용 여부와 실무적 영향을 선제적으로 점검해야 합니다.

통합허가제도는 관리창구가 지방환경청으로 일원화되고 매체법 간 충돌을 예방하여 기업의 컴플라이언스 부담을 줄여주는 장점이 있습니다. 그러나 이러한 이점은 ① 준비 단계에서의 정밀한 공정 도식화 및 위반이력 파악, ② 허가 과정에서의 실효성 있는 허가조건 협의, ③ 허가 취득 후 가동개시 신고 및 현장 점검 대응이라는 전 과정을 얼마나 철저히 관리하느냐에 달려 있습니다.

법무법인(유) 세종 환경안전전략센터는 환경오염시설법과 통합허가 제도의 변화를 기업의 사업 현실과 연결하여 통합환경관리계획서 작성 지원, 허가조건 협의 및 대응, 허가조건 이행 등 사후관리 전반에 이르기까지 통합허가 제도와 관련하여 기업이 직면하는 다양한 이슈를 폭넓게 검토하고 있습니다. 신규로 통합허가 대상업종에 편입되어 준비가 필요하시거나, 기존 통합관리사업장의 허가조건 이행·관리에 대한 자문이 필요하신 경우 세종 환경안전전략센터가 함께하겠습니다.