원고는 2005, 2006 사업연도에 수탁업체에 전산시스템 등 구축을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고, 수탁업체가 수행 한 용역에 대한 연구개발비를 지급한 뒤, 구 조특법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항 [별표6] 제1호 나목 1) 마) 에 따라 수탁업체에 지급한 연구개발비에 대한 연구 및 인력개발비 세액 공제를 하여 2006 사업연도 귀속 법인세를 경정하여 줄 것을 청구하였습니다. 피고는 원고의 경정청구를 받아들여 원고 에게 2006 사업연도 귀속 법인세를 환급하였다가 ‘수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비는 연 구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다’는 감사원의 지적에 따라 원고가 2006사업연도에 지출한 연구개발비 중 수 탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비에 대한 세액공제를 배제하여 2006사업연도 법인세를 경정고지 하였습니다.
