1. 개요

원고는 스웨덴 법인 甲과 내국법인 乙이 공동 출자해 설립된 외국인투자기업으로, 甲은 설립 시 65% 지분을 조세감면결정을 받고 취득했으나, 2007년 乙로부터 추가 지분 35%를 취득할 때에는 감면결정을 받지 않았습니다. 이후 원고는 1인 주주인 甲에게 잉여금을 배당하면서 최초 취득지분에 대한 배당금 중 감면대상사업으로부터 발생한 소득에 따른 배당금은 조특법 및 시행령상의 외국인 투자 관련 감면규정¹ 및 산출규정²을, 비감면사업으로부터 발생한 소득에 따른 배당금과 추가 취득지분에 대한 배당금은 조세조약상 제한세율을 적용해 원천징수세액을 신고·납부하였습니다.

그러나 피고는 전체 배당금에 대해 조특법 시행령상의 산출규정에 따라 감면적용금액과 조세조약상 제한세율 적용금액 중 적은 금액을 세액으로 산정해야 한다고 보아 추가 법인세를 부과하였습니다.

본 판결의 핵심 쟁점은 당초의 조세감면결정에서 감면대상에 포함되지 않은 내국인 투자금에 대해 발행된 기존주식을 외국투자가가 취득하는 경우 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 제2, 3항에 의한 감면이 적용될 수 있는지 여부였습니다. 이에 더하여 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 배당금 등에 대한 법인세 또는 소득세의 감면액 및 세율을 산정하는 방법도 쟁점이 되었습니다.

2. 판결의 요지

원심은 甲이 원고 설립 당시 취득한 원고 지분 65%에 대하여 조세감면결정을 받은 이후에 추가로 내국투자가로부터 취득한 나머지 원고 지분 35%에 대하여는 조세감면결정을 별도로 받지 않았으므로, 추가 취득지분에 지급된 배당금에 대해서는 조특법상 감면규정에 따른 조세감면을 받을 수 없다고 보았습니다.

그리고 원고가 이 사건 배당금에 대하여 납부하여야 할 원천징수세액은 조특법 시행령상의 산출규정에 따라 ‘조특법 감면규정에 따른 조세감면을 적용한 후의 배당금에 국내법상 세율을 적용한 금액’과 ‘배당금 총액에 대하여 조세조약상 제한세율을 적용한 금액’ 중 적은 금액으로 산정하여야 한다고 보아, 같은 취지의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였습니다.

3. 시사점

대상 판결은 조세감면 신청과 결정 절차는 단순한 요식행위가 아니라, 조세감면을 받기 위한 필수적인 절차라는 점을 명확히 하였다는 점에서 의의가 있습니다.

따라서 외국인투자자로서는 사업을 확장하는 과정에서 국내 파트너의 지분을 인수하여 완전 자회사로 전환할 때 조세감면이 자동적으로 따라오는 것이 아니라는 점을 유의하고, 추가 지분 취득에 대해서도 조세감면이 적용되는지, 별도의 감면 신청이 필요한지 면밀히 검토하여야 합니다.

¹구 조특법 제121조의2
²구 조특법 시행령 제116조의2 제13항