1. 개요

구 장애인고용촉진 및 직업재활법¹ 제28조 제1항에 의하면 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 근로자 총수의 5% 범위에서 의무고용률 이상에 해당하는 장애인을 고용하여야 합니다. 이를 달성하지 못할 시 같은 법 제33조 제1항에 따라 사업주는 매년 장애인 고용부담금을 납부하여야 합니다. 한편, 구 법인세법² 제21조 제5호에 따르면 법령에 따른 의무를 불이행하였거나 금지·제한 등을 위반하였다는 이유로 부과되는 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않습니다.

원고는 2019, 2020 사업연도 법인세 신고 시 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부하였습니다. 이후 원고는 장애인 고용부담금은 구 법인세법 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상이 아니라고 주장하면서 법인세를 돌려받겠다는 경정청구를 하였으나, 과세관청은 이를 거부하였습니다.

본 판결의 쟁점은 장애인 고용부담금이 구 법인세법 제21조 제5호에서 정한 '법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금'에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부였습니다.

2. 판결의 요지

대법원은 장애인 고용부담금이 구 법인세법상 손금불산입 대상으로 정한 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 않는다고 판단하였습니다.

대법원은 법인세법상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것으로서 원칙적으로 손금에 산입되어야 하지만, 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 이유에 의하여 손금산입이 바람직하지 않으면 법률로 손금산입을 부정할 수 있다고 판시하였습니다. 이는 공과금의 손금 산입을 허용할 경우 제재효과를 경감시키는 결과를 초래할 수 있다는 정책적 고려가 반영된 것입니다.

공과금은 기본적으로 사업경비로서의 성격을 지닙니다. 한 때는 법인세법령에서 손금에 산입되는 공과금을 제한적으로 열거하였지만, 이런 입법방식은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나오고 나서부터 법인세법령은 손금불산입하는 공과금을 적극적으로 정하고 있습니다. 어느 공과금이 구 법인세법 제21조 제5호에서 정한 손금불산입 대상인지는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 한다고 대법원은 판단하였습니다. 장애인 고용부담금을 손금불산입하는 공과금으로 법인세법에서 명확하게 규정하고 있지 않기 때문에 조세법률주의 원칙상 손금불산입 항목이라고 단정할 수 없다고 지적한 것입니다.

또한, 대법원은 장애인 고용부담금제도는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하기 때문에³, 장애인 고용부담금은 본질적으로 사업주의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닌다고 판시하였습니다. 이에 더하여 장애인 고용부담금은 고의 또는 과실이라는 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생하고, 고용의무를 이행하지 않더라도 이를 처벌하는 규정이 별도로 존재하지 않습니다. 따라서 장애인 고용부담금 자체는 의무 불이행에 따른 결과로서 발생하는 것이지만, 법적 비난가능성이 전제된 '제재'로서의 속성까지 지니는 것이라고 단정할 수 없고, 구 장애인고용법 제33조가 정한 요건에 따라 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 납부되는 금전지급의무에 그친다는 점을 대법원은 지적하면서 장애인 고용부담금이 손금불산입되는 공과금에 해당하지 않는다고 판단하였습니다.

3. 시사점

이번 대법원 판결로 인해 과거 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부한 법인은 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구를 통해 기존에 과다 납부한 법인세를 환급받을 수 있게 되었습니다. 경정청구 기한은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내이므로, 해당 기간 내의 사업연도(현재 기준 2020 사업연도 및 그 이후 사업연도)에 대해서는 법인세 신고 내역을 전체적으로 점검하여 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않은 사업연도가 있는지 확인하고 조속히 경정청구 여부를 검토할 필요가 있습니다.

다만, 2025. 1. 1. 시행된 현행 법인세법 제21조 제5호에서는 그 문언을 종전 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에서 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금’으로 개정하였는데, ‘제재’의 성격을 갖지 않는다고 본 이번 대법원 판결의 결론이 현행 법률에도 그대로 적용된다고 볼 수 있는지 해석상 논란이 남을 수 있습니다. 따라서 2025 사업연도 법인세 신고 시 장애인 고용부담금을 종전과 같이 손금불산입할지, 이번 대법원 판결의 취지와 같이 손금산입할지 여부에 관하여는 전문가의 자문을 받아 결정하시기 바랍니다.

¹ 2021. 7. 20. 법률 제18308호로 개정되기 전의 것.
² 2024. 12. 31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것.
³ 헌법재판소 2003. 7. 24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정.