1. 개요¹

비영리법인도 배당이나 이자를 받는다면 법인세를 내야 하지만 그런 소득을 공익적인 목적사업에 쓴다면 법인세를 안 물립니다. 또한 당장 다 쓰지 못할 경우를 생각해서 고유목적사업준비금을 설정하는 경우에는 그 설정액은 손금산입을 허용합니다.² 다른 한편, 영리법인이든 비영리법인이든 다른 법인(배당법인)으로부터 법인세를 내고 남은 소득에 대하여 배당을 받는 경우 법인세 2중과세 부담을 덜어주기 위해 수입배당금 익금불산입 규정을 두고 있습니다.³ 비영리법인이 이런 배당금을 받아 고유목적사업준비금을 설정하는 경우 둘 사이의 관계를 어떻게 정할 것인가라는 문제가 생기고 법인세법령은 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리법인에는 수입배당금 익금불산입 규정의 적용을 배제합니다.

비영리법인인 이 사건 원고는 소유주식으로부터 1,400억 원 이상의 수입배당금을 받았습니다. 원고는 이 수입배당금 중 일부를 고유목적사업에 직접 지출한 뒤 이를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하였습니다. 본 사건에서 쟁점 (i)은 ‘고유목적사업준비금을 설정하지 않았던 나머지 금액에 대하여 수입배당금액 익금불산입 조항을 적용받을 수 있는가’입니다. 그리고 쟁점 (ii)의 절차법 문제로 원고는 결산조정사항에 해당하는 고유목적사업준비금은 손금산입한 뒤에도 이를 철회하고 경정청구를 할 수 있고 이에 따라 수입배당금 익금불산입 조항을 적용받을 수 있다고 주장했습니다.

2. 판결의 요지

대법원은 쟁점 (i)에 대해서는 법인세법령상의 위 익금불산입 및 손금산입 조항들은 중첩적용이 배제되는 주체(고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인)에 관하여만 정하고 있을 뿐 고유목적사업준비금과 관련하여 손금에 산입되지 아니한 나머지 수입배당금액이 있는 경우 이에 대해서 익금불산입이 적용되는지, 그 경우 구체적인 익금불산입 범위에 대해서는 아무런 규정도 하고 있지 않기 때문에 남은 금액에 대해서도 익금불산입 조항이 적용되지 않는다고 판시하였습니다. 일부만 손금산입한 것은 원고 스스로의 선택이었다는 것입니다.

대법원은 쟁점 (ii)에 관해서는 비영리법인이 결산조정사항인 고유목적사업준비금의 손금산입 적용을 선택하여 결산 시 손금으로 계상한 이상 수입배당금액의 익금불산입을 적용받겠다고 나중에 번의하여 이를 소급적으로 철회하는 것은 법령상 다른 정함이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 허용되지 않는다고 판시하였습니다. 

3. 시사점

수입배당금액의 일부라도 일단 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입을 한 경우 나머지 수입배당금액에 대해서는 익금불산입 규정의 적용을 받지 못하게 되므로 고유목적사업준비금을 설정하고자 하는 비영리법인으로서는 특히 이 점을 유의할 필요가 있습니다. 결국 수입배당금 전체에 준비금을 설정하던가, 전체에 2중과세 배제 조항을 적용하던가, 하나를 선택하라는 말입니다.

한편 절차법적 문제인 쟁점 (ii)는 기존 대법원 판례의 논리적 연장입니다. 결산조정을 빠뜨렸다가 나중에 경정청구를 하면서 결산조정을 할 수는 없습니다.⁴ 결산조정을 안 한 이상 신고한 그대로 법인세 채무가 생기는 까닭입니다. 역으로 결산조정을 했다면 이미 법인세 채무가 그대로 생겼다는 것이 본 판결의 의의입니다. 

¹ 대법원 2026. 5. 14. 선고 2022두38199 판결.
² 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항.
³ 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항.
⁴ 대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두7227 판결; 2004. 9. 23. 선고 2003두6870 판결.