1. 개요1
부동산임대업을 하던 원고는 2017년 10억 원을 사업과 무관한 개인 용도로 꾸면서 이 사건 부동산에 근저당권설정등기를 마쳤습니다. 이후 원고는 2018. 9. 30. 부동산임대업에 관한 권리·의무 일체(편의상 순자산가액이 100억 원이라고 가정합니다) 및 위 사업과 무관한 개인 채무 10억원까지 A사에 포괄적으로 현물출자하고 그 순자산가액에 상응하는 90억원 상당의 보통주식을 교부받기로 하는 중소기업통합계약을 체결한 후, 현물출자를 통해 이 사건 부동산을 포함한 사업용 고정자산 일체를 A사에 이전하였습니다. 국세청은 2021년 원고에 대하여 세무조사 결과 원고가 받은 주식 90억 원어치는 부동산임대업의 순자산가액 100억 원에 미달하므로 원고는 조세특례제한법상의 중소기업 간 통합에 따른 사업용 고정자산에 대한 이월과세2를 적용받을 수 없다고 보고 추징하였습니다.
2. 판결의 요지
조세특례제한법에 따라 중소기업 간 통합으로 양도소득세 이월과세 혜택을 누리자면 “통합으로 인하여 취득하는 주식…의 가액이…사업장의 순자산가액 이상”이어야 합니다(조세특례제한법 시행령 제28조 제1항). 여기에서 주식의 가액이란 주식의 시가를 뜻합니다.3 대가로 받는 주식의 가치(시가)가 순자산가액 이상이어야 한다는 말입니다. 이 순자산가액은 통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 '충당금을 포함한 부채의 합계액'을 공제한 금액인데 여기서 부채란 해당 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 한정해야 한다는 것이 이번 판결입니다.
대법원은 조세특례제한법상 중소기업 간의 통합에 따른 이월과세 제도의 취지는 사업의 동일성을 유지하면서 개인 기업을 법인으로 전환한다는 구조조정을 지원하려는 데 있고 또 시행령 제28조 제2항에서 ‘사업용 고정자산’을 ‘당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산’으로 규정하고 있는 것에 비추어 보면, 이에 대칭되는 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’ 또한 당해 사업장의 사업과 직접 관련되어야 한다는 요건이 충족되어야 한다고 보았습니다.
이와 달리 사업과 무관한 개인 부채까지 승계시킬 수 있다면 통합 직전 임의로 빚을 내어 현금을 확보하고 빚을 떠넘기는 경우까지도 세금을 미루어 주는 결과가 생겨서 입법취지를 무력화할 수 있다고 대법원은 지적하였습니다.
3. 시사점
개인 기업이란 사업 채무와 사적 채무의 구별이 뚜렷할 수가 없습니다. 대상판결은 중소기업 간 통합으로 세제혜택을 받고자 하면 사업의 동일성 유지라는 입법취지에 맞도록 승계되는 부채가 해당 사업을 위해 발생하고 사용되었다는 직접 관련성이 실질적으로 있어야 한다고 밝혔습니다. 실무적으로는 거래구조 설계 단계부터 문서화가 중요하다는 말이니 전문가의 도움이 절대적입니다. 자금의 실제 흐름이 한결 더 중요한 것은 당연합니다.
위 사실관계를 조금 바꾸어 사업장 순자산 100억 원을 그대로 현물출자해서 주식 100억 원을 받고, 그 다음에 통합법인에서 배당금 10억 원을 받았다면 어떻게 될까요? 또는 현물출자 전에 사업장의 현금을 10억 원 인출해서 개인자산으로 돌리고 사업장의 순자산 90억 원을 출자하고 주식 90억 원어치를 받았다면 어떻게 될까요? 미리 적절한 법률 자문을 받는 것이 필수적인 이유입니다. 마지막으로 입법론 문제로, 가령 순자산가액 100억 원에 미실현이득이 50억 원 딸려 있는 경우 사업과 무관한 부채를 10억 원 넘겼다고 해서 50억 원 전부에 세금을 물리는 것이 과연 맞을까요? 합병분할 세제처럼 미실현이득 가운데 10억 원만 과세하는 것이 맞지 않을까요?
1 대법원 2026. 6. 24. 선고 2025두35727 판결.
2 조세특례제한법 제31조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제2호.
3 대법원 2025. 7. 18. 선고 2022두53204 판결.
