1. 개요1

청구법인이 40% 주주로 있는 외국법인 A사는 2020년부터 2022년까지 총 3회에 걸쳐 이익잉여금을 자본에 전입하였으나, 청구법인은 이에 따른 의제배당을 익금산입하지 않았습니다. 지방청은 2022. 1. 18. ~ 2022. 4. 22. 청구법인을 대상으로 2016～2020 사업연도에 대한 법인제세 통합세무조사를 실시하였습니다. 그 뒤 관할세무서는 2024. 6. 14.(1차), 2025. 5. 8.(2차) 청구법인에 의제배당에 관한 해명자료 제출안내라는 형식으로 2024년 6월부터 2025년 5월까지 약 1년간 수차례 납세자 측과 접촉하여 자료제출 요구와 사실관계, 과세대상 여부 확인을 위한 질문을 하였고, 다수의 장부 및 서류 제출을 요청하였습니다. 쟁점은 그 뒤 관할 세무서가 A사의 이익잉여금 자본전입에 따른 의제배당에 대하여 청구법인에게 2020～2022 사업연도 법인세 부과처분을 한 것이 위법한가입니다. 

청구법인은 ① A사의 이익잉여금 자본전입은 자본건전성을 확보하기 위한 것으로 주주에게 이익을 분여하고자 하는 의도가 없어 과세처분은 부당하고, ② 처분청이 해명자료 제출안내 후 2024. 6. ～ 2025. 5. 기간 동안 수차례 납세자에게 자료제출, 사실관계 등 질문을 한 것은 재조사에 해당하므로 2020 사업연도에 대한 부과처분은 위법하다고 주장하였습니다.

 

2. 결정의 요지

조세심판원은 ① 주주에게 이익을 분여할 목적 여부는 의제배당이 있는지와는 무관하다고 판단하였습니다. 그러나 ② 이미 종료된 세무조사에 대해 ‘해명자료 제출안내’의 형식으로 다시 조사하는 경우 재조사 금지규정을 위반한 것으로 이에 근거한 처분은 위법하다고 보았습니다. 청구법인의 영업의 자유나 법적 안정성을 침해할 우려가 있고 중복조사금지 규정의 취지가 저해될 우려가 있다는 것입니다. 이미 지방청에서 통합세무조사를 실시하여 쟁점자본전입에 대하여 이미 사실관계 등을 확인하고 과세를 안 했다가 그 뒤 관할 세무서가 다시 조사한 것이니 위법하다는 것입니다. 국세청 조직의 내부 소통 및 납세자 접촉에 관한 내부통제가 없어서 벌어진 중복조사일 뿐이라는 것입니다. 

 

3. 시사점

제목이 무엇이든 재조사인가 아닌가는 실제 내용을 따지는 것입니다. 영업의 자유를 침해하는 정도에 이른다면 ‘해명자료 제출안내’는 이미 “단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과한(조심 2026중632, 2026. 6. 11. 외 다수, 같은 뜻임)” 것이 아니라는 것입니다. 현지확인, 서면조사 이런 제목을 붙이더라도 영업의 자유나 사생활의 자유를 침해할 정도라면 중복조사라는 점은 이미 대법원 판례로 확립되어 있습니다.2

 

1 조심 2025서3948, 2026. 7. 22.
2 대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 외 다수.