관세청은 2026. 9. 9. 할당관세제도를 악용한 수입·유통 과정의 불법행위에 대한 특별단속 결과를 발표하였습니다. 이번 단속을 통해 총 5,468억 원 규모의 위법행위가 적발되었으며, 주요 유형으로는 ① 할당관세 적용을 전제로 한 수입가격 고가조작 및 외화 과다송금, ② 바지업체를 이용한 부당한 할당관세 추천·배정, ③ 보세구역 내 할당관세 적용 물품의 불법 비축 등이 확인되었습니다.
특히 이번 단속은 할당관세 적용 단계뿐만 아니라 수입가격, 해외송금, 보세구역 보관, 국내 유통·판매에 이르기까지 거래 전반을 점검하였다는 점에서 주목할 필요가 있습니다. 이에 따라 업종별로 어떠한 사항이 점검 대상이 될 수 있는지, 기업이 사전에 무엇을 점검할 필요가 있는지를 아래와 같이 살펴보겠습니다.
1. 할당관세제도 악용행위 특별단속 주요 내용
이번 특별단속은 2026년 2월부터 8월까지 21개 수입업체를 대상으로 진행되었으며, 이 중 10개 업체에서 위반행위가 적발되었습니다. 적발된 탈세 규모는 586억 원에 달하고, 부당하게 보세구역에 장기 보관된 물품도 292톤에 이릅니다.
관세청이 제시한 주요 위반사례는 다음과 같습니다.
① 수입가격 고가조작 및 외화 과다송금
할당관세 적용으로 관세 부담이 낮아지는 점을 이용하여 해외 관계회사에 지급하는 수입가격을 실제보다 높게 신고하고 그 차액을 해외로 송금한 바나나 수입업체 A사와 관련하여, 법인세 탈루 정보를 국세청에 제공하고 외환거래 위반에 따른 과태료를 부과하였습니다. 또한 고의적으로 수입가격을 높게 신고하는 행위에 대해서는 가격조작죄에 따른 범칙수사를 통해 처벌할 예정이라고 밝혔습니다.
② 바지업체를 이용한 할당물량 부당 확보
실제 거래와 무관한 회사를 활용하거나 허위의 선하증권 양도계약 등을 이용하여 추가 할당물량을 추천받은 C사에 대해서는 관세 등 탈루세액에 대한 과세예고가 이루어졌으며, 고의적인 행위에 대해서는 범칙수사를 통해 처벌할 예정이라고 밝혔습니다.
③ 보세구역 내 물품의 장기 보관
할당관세 추천물량을 정해진 기간 내 반출하지 않고 장기간 보관한 사례에 대해서는 추천 조건 위반에 따른 할당관세 추천 취소 물량에 대해 관세를 추징하고, 수리 후 미반출에 따른 과태료를 부과하였습니다.
앞서 이재명 대통령은 2026. 8. 21. 제1차 반부패정책협의회에서 관세청으로부터 ‘할당관세를 악용한 수입 유통 비리 업체 근절 방안’을 보고받고, 제도의 취지가 훼손되지 않도록 처벌과 함께 제도적 보완을 주문한 바 있습니다. 이에 관세청 역시 관세조사 및 범칙조사를 강화하고, 할당관세 추천제도를 실수요자 중심으로 개편하는 등 제도 개선을 추진하겠다고 밝혔습니다.
2. 민생물가 및 서민경제 밀접 품목 수입기업이 주목해야 할 사항
이번 단속 결과는 할당관세를 적용받은 기업이 신청·적용 단계뿐만 아니라 수입부터 국내 유통·판매에 이르는 거래 전반을 점검할 필요가 있음을 보여줍니다. 특히 민생물가 및 서민경제와 밀접한 품목을 수입하는 기업은 향후 관세청의 관리·감독 및 조사 강화 가능성에 유의할 필요가 있습니다. 이에 따라 다음과 같은 업종에서는 관련 거래 및 내부 관리체계를 사전에 점검할 필요가 있습니다.
① 외식·프랜차이즈 업계
관세청은 2026년 8월부터 햄버거·치킨·피자 등 서민경제와 밀접한 외식 물가 관련 프랜차이즈 업종을 대상으로 제3차 특별조사를 진행하고 있습니다. 이에 따라 외식·프랜차이즈 관련 업체는 수입 원재료(할당관세 적용 품목 등)의 수입가격 및 공급가격의 적정성, 외국환거래법상 지급절차 준수 여부, 가맹점 공급가격과 최종 판매가격 간의 관계 등을 종합적으로 점검할 필요가 있습니다.
② 식품·식자재 수입·유통업계
할당관세 추천·배정 과정뿐만 아니라 할당물량의 실제 사용, 수입 후 보세구역 반출 및 재고관리 과정에서도 문제가 발생할 수 있습니다. 따라서 할당관세 대상 물품을 수입·유통하는 업체는 할당물량의 배정·사용 현황, 보세구역 반출기한 및 재고관리 자료 등을 점검할 필요가 있습니다.
③ 해외 관계회사와 거래하는 식품·소비재 제조·유통업체
이번 단속에서는 해외 관계회사에 지급하는 수입가격을 실제보다 높게 신고하고 외화를 과다송금한 사례가 적발되었습니다. 해외 관계회사와 거래하는 할당관세 적용 품목 취급 업체는 관세가격, 이전가격, 법인세 및 외국환거래 관련 자료가 서로 일관되는지 종합적으로 점검할 필요가 있습니다.
④ 종합상사·대형 수입·유통업체
여러 법인이나 관계회사를 활용하여 수입·유통하는 기업의 경우 할당물량 추천 과정에서 수요자와 실제 수입자 간의 관계가 문제될 가능성이 있습니다. 따라서 할당물량의 신청·추천 과정과 실제 거래 및 물량 사용 사이에 경제적 실질이 일치하는지를 확인할 필요가 있습니다.
3. 기업의 사전 점검 및 종합 대응 필요성
이번 단속에서 문제된 사항은 단순한 관세 신고 오류에 그치지 않고, 할당관세 추천·배정, 수입가격, 해외송금, 보세구역 관리 및 국내 유통·판매 등 거래 전반에 걸쳐 여러 다양한 업무와 연계되어 있습니다. 따라서 민생물가 및 서민경제와 밀접한 품목(할당관세 품목 등)을 주로 수입하는 기업은 이번 단속 결과를 계기로 관련 거래를 자체적으로 점검하는 데 그치지 않고, 관세·외국환·세무·이전가격 등 관련 분야 전문가를 통해 거래구조와 업무 프로세스 전반에 대한 종합적인 사전 점검을 실시할 필요가 있습니다.
특히 다음 사항에 대해서는 거래의 실질과 관련 자료 간 정합성을 면밀히 확인할 필요가 있습니다.
- 할당관세 추천·배정 과정에서 실제 거래관계와 신청자료가 일치하는지
- 할당관세 적용 수입물품의 신고가격이 거래실질 및 관계회사와의 거래가격에 부합하는지
- 수입가격·해외송금·이전가격·법인세 신고자료 간 불일치가 없는지
- 보세구역 반출기한 및 재고관리 절차가 적정하게 운영되고 있는지
- 수입 이후 국내 유통·판매 과정에서 할당관세 혜택의 귀속 및 가격정책에 특이사항이 없는지
한편, 관세청은 탈루세액에 대해 국세청에 관련 정보를 제공하거나 과세예고 하는데 그치지 않고, 고의적인 위반행위에 대해서는 범칙수사를 통해 처벌할 예정이라고 밝히고 있습니다. 따라서 사안에 따라 단순한 세액 추징이나 행정상 제재를 넘어 형사절차로 이어질 가능성도 염두에 둘 필요가 있습니다. 범칙수사가 진행되는 경우에는 법인의 책임뿐만 아니라 해당 행위에 실제로 관여한 대표이사·임직원 등 개인의 형사책임 도 문제될 수 있습니다.
특히 거래구조가 복잡하거나 관계회사 간 거래가 포함된 경우에는 각 이슈가 서로 연계되어 판단될 수 있으므로, 관세 전문가를 중심으로 조세·외국환 등 관련 분야 전문가가 함께 거래구조와 내부통제 절차를 사전에 진단하고 필요한 보완조치를 마련하는 것이 바람직합니다.
법무법인(유) 세종 관세그룹은 관세·통관·외국환·조세 분야의 전문성을 바탕으로 기업의 수출입 거래 및 관세 리스크에 대한 종합적인 법률자문을 제공합니다.
특히 관세평가, 품목분류, FTA, 할당관세, 관세조사 및 범칙조사, 외국환거래, 이전가격 및 조세 관련 이슈에 대하여 기업의 거래구조와 실제 업무 프로세스를 고려한 자문을 수행하고 있으며, 관세조사 및 범칙조사에 대한 사전 리스크 점검부터 조사 대응까지 종합적인 서비스를 제공하고 있습니다.
