2026. 8. 3. 발표한 「2026년 세제개편안」(“개편안”)이 국무회의 의결을 거쳐 9월 초에 정기국회에 제출되었습니다. 이후 올해 12월까지 국회 심의 단계에서 다시 바뀌는 부분이 있는지 챙겨보아야 합니다. 지난 8월호의 법인과세 분야(SHIN & KIM Tax Intelligence 8월호 Tax News 1) 2026년 세제개편안 발표: 법인과세 분야)에 뒤이어 이번 9월호에서는 관세와 지방세 분야를 분석합니다. 주요 내용은 아래와 같습니다.
1. 2026년 세제개편안: 관세 분야
1) 할당관세 집중관리품목에 대한 관리 강화1
| 구분 | 현행 | 개편안 |
|---|---|---|
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수입신고 지연 가산세 강화 |
관세법상 물품의 보세구역 등 반입·장치일로부터 30일 이내에 수입·반송신고 불이행 시 과세가격의 0.5~2%의 신고지연가산세 부과 |
할당관세 집중관리품목의 신고기한을 20일로 단축하고 신고지연가산세의 부과한도를 1,000만 원으로 상향 |
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특허보세구역 반출명령대상 확대 |
[명령대상] 물품관리에 필요하다고 인정되는 경우 |
[명령대상 추가] |
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특허보세구역 반출명령 불이행 시 과태료 신설 |
반출명령 불이행 시 100만 원 이하의 과태료 부과 |
[사유 및 과태료 추가] |
* 위 개편안은 모두 2027. 1. 1. 이후 보세구역 등에 반입하거나 명령하는 분부터 적용될 예정
2) 관세 성실신고확인제도 도입2
개편안에 따라 관세 성실신고확인제도가 신설됩니다. 이는 소득세법상의 성실신고확인제도를 관세 분야에 도입한 것으로, 일정 규모 이하의 수입자가 관세사 등 전문가의 확인을 거쳐 수입신고의 적정성을 사후적으로 검증받는 제도입니다. 본 개편 내용은 2027. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용될 예정이며, 주요 내용은 다음과 같습니다.
- 대상: 성실신고확인을 받으려는 과세연도의 직전 과세연도말 기준 수입금액 3천만 달러 미만인 자가 신청할 수 있으며, 수출입안전관리 우수업체(Authorized Economic Operator. AEO)는 제외됩니다.
- 신청 및 유효기간: 성실신고확인을 받으려는 과세연도 종료일 2개월 전까지 신청해야 하고 유효기간은 5년입니다. 5년 단위로 재신청이 가능합니다.
- 확인 내용 및 절차: 매 과세연도 수입신고 물품의 과세가격·품목분류 등 세액산정의 적정성을 관세사 등이 확인하며, 확인서는 과세연도 종료일 이후 3개월까지 제출해야 합니다.
- 특례: 수입물품 검사를 생략하거나 축소하며, 확인 결과에 따라 세액정정 시 보정기간 내 보정한 것으로 간주하여 가산세가 감면됩니다.
- 제재: 확인서를 제출하지 않으면 500만 원 이하의 과태료가 부과되며, 관세사 등이 거짓·부실하게 확인서를 작성한 경우 관세사법에 따라 징계받을 수 있습니다.
중소·중견 수입기업(수출입안전관리우수업체 제외)이 성실신고확인제도 참여를 신청하고 관세청장의 심사를 거쳐 대상사업자로 지정되면, 5년간 매 과세연도 과세가격과 세액 등의 적정성을 관세사 또는 관세법인으로부터 확인받아 과세연도 종료일부터 3개월 이내에 확인서를 제출해야 합니다. 대상기업에 대해 수입물품 검사가 축소되거나 생략될 수 있어 통관절차가 간소화되기는 하지만, 매년 성실신고확인 의무를 이행하기 위해 수입신고 전후의 업무와 관련 자료를 더욱 면밀히 관리할 필요가 있습니다.
3) 수출입 위험관리 및 단속권한 강화
| 구분 | 현행 | 개편안 |
|---|---|---|
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지식재산권 보호대상에 산업기술 추가3 |
상표권, 저작권, 특허권 등 |
[보호대상 및 절차 추가] |
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보세운송업자 명의대여 행위 제재 강화4 |
보세운송업자가 타인에게 명의를 빌려주는 행위 |
[처벌대상 추가] |
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불법·불량·유해물품 정보 제공 근거 신설5 |
현행 규정 없음 |
관세청장이 물품 안전관리를 위해 필요한 경우 정보분석을 통해 확인된 유해물품 등 관련 정보를 관계기관에 제공 가능. 각 기관은 제공받은 정보를 타인에게 제공·누설·목적 외 용도 사용 금지(의무 위반 시 2천만 원 이하 과태료 부과) |
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공항·항만 보세구역 출입자 정보 제출 요청 근거 신설6 |
현행 규정 없음 |
관세청이 마약류 등 수입금지·제한물품 단속을 위해 중앙행정기관 및 공공기관에 공항·항만시설 출입자 정보 등을 요구할 수 있는 규정 신설 |
4) 시사점
이번 개편안은 할당관세 물품의 신속한 유통을 유도하고, 보세구역 재고와 수출입 과정의 재정·금융범죄 및 산업기술 유출에 대한 관리를 강화하는 데 목적이 있습니다. 이에 따라 기업의 관세 관리 범위도 수입신고와 세액 납부를 넘어 재고·반출, 거래가격, 품목분류, 원산지 및 산업기술 자료 관리로 확대될 전망입니다.7
할당관세 집중관리품목 수입기업은 2027. 1. 1. 이후 반입분부터 수입신고기한이 20일로 단축되고 신고지연가산세 한도가 상향된다는 점에 유의하여야 합니다. 반출명령 대상도 화주로 확대되므로 예상 반입일과 신고일, 보세구역 재고 및 반출계획을 사전에 관리할 필요가 있습니다.
수출입안전관리 우수업체에 해당하지 않는 수입기업은 관세 성실신고확인제도의 신청·확인서 제출기한을 점검하고, 과세가격·품목분류 관련 계약서와 가격 산정자료를 체계적으로 보관하여야 합니다. 또한 일반 과세가격 사전심사 결과를 통지받은 경우 2개월 이내 수정신고에 따른 가산세 감면 가능성을 신속히 검토할 수 있는 내부 절차를 마련할 필요가 있습니다.
아울러 보세운송 명의, 거래가격, 품목분류, 원산지 및 외환거래 자료의 정합성을 상시 점검하고, 국가핵심기술 보유기업은 수출절차와 기술자료 접근·반출 및 보존체계를 재정비할 필요가 있습니다.
1 관세법 제241조 제3항, 관세법 시행령 제247조 제2항.
2 관세법 제115조의2 신설 및 제227조 제5항 신설.
3 관세법 제235조. 본 개편 내용은 2027. 1. 1. 이후 수출입신고하는 분부터 적용될 예정입니다.
4 관세법 제223조의2 제2항 신설. 본 개편 내용은 2027. 1. 1. 이후 명의 사용 분부터 적용될 예정입니다.
5 관세법 제264조의10 제3항·4항 신설, 제277조의3 제1항. 본 개편 내용은 2027. 1. 1. 이후 정보제공 분부터 적용될 예정입니다.
6 관세법 제264조의11 제5항 신설. 본 개편 내용은 2027. 1. 1. 이후 정보제공 분부터 적용될 예정입니다.
7 관세청의 단속 강화 움직임에 관한 자세한 내용은 저희 조세그룹에서 기존에 게재한 「관세청 무역기반 재정·금융범죄(TBFC) 특별수사단 출범과 기업 대응 관련 시사점 - 수출입·원산지 자료와 정부지원·공공조달·자본시장 정보의 연계 분석 강화 -」 및 「관세청, 할당관세제도 악용행위 특별단속 결과 발표 - 할당관세 적용 거래에 대한 관리·감독 및 조사 강화에 대비해야」 뉴스레터를 참고해주시기 바랍니다.
