1. 사실관계(대법원 2025. 2. 13. 선고 2024두57996 판결)

A대학교 산학협력단은 교육부장관과 국가연구개발사업인 학술지원사업 OO과제(이하 ‘이 사건 과제’)에 관하여 협약(이하 ‘이 사건 협약’)을 체결하고 사업비를 지급받았습니다.  그러나 A대학교 교수이자 이 사건 과제의 연구책임자인 원고는 선임연구원에게 위 사업비 중 참여연구원 인건비 일부를 공동으로 관리하게 하고, 연구실 비품 구입 등 운영비와 학회·출장 경비 등으로 지정된 용도와 다르게 사용하였습니다.  이에 교육부장관은 구 학술진흥법(2020. 12. 22. 법률 제17669호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항 제1호, 제20조 제1항에 따라 A대학교 산학협력단장에 대하여는 사업비 환수처분(이하 ‘이 사건 환수처분’)을, 원고에 대하여는 2년간의 학술지원 대상자 선정제외처분(이하 ‘이 사건 선정제외처분’)을 하였고, 원고는 교육부장관을 상대로 이 사건 환수처분 및 선정제외처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 최종적으로 대법원에서 승소하였습니다.  

 

2. 사건의 쟁점 및 법원의 판단

본 사건에서는 ① 이 사건 환수처분의 상대방이 아닌 연구책임자에게 원고적격이 인정되는지 및 ② 이 사건 환수처분이 취소될 경우 이 사건 선정제외처분도 취소되어야 하는지가 문제되었습니다.  

먼저, 원고적격에 관하여, 제1심 법원은 아래와 같은 이유로 연구책임자인 원고에게도 원고적격이 있다고 판단하였는데, 원심과 대법원에서는 이러한 1심 법원의 판단을 그대로 유지하였습니다: (ⅰ) 학술지원사업에 대한 연구개발비의 지원은 대학에 소속된 일정한 연구단위(팀)별로 신청한 연구개발과제에 대한 것이지, 그 소속 대학을 기준으로 하는 것이 아닌 점, (ⅱ) 협약으로 인한 실질적 이해관계는 연구개발의 수행주체인 연구팀에 귀속되는 점, (ⅲ) 이 사건 환수처분의 처분사유는 이 사건 과제의 연구책임자인 원고에게서 비롯되었으므로 원고는 위 처분의 실질적인 당사자의 지위에 있다는 점, (ⅳ) 향후 이 사건 환수처분에 의한 환수금을 납부한 A대학교 산학협력단에서 원고를 상대로 구상청구를 할 경우 원고로서는 그에 대한 효과적인 방어가 어려워지고 그에 따른 불이익을 그대로 감수할 수밖에 없게 된다는 점 등을 고려하면, 이 사건 환수처분으로 인하여 자신의 법률상 지위가 영향을 받게 되는 원고에게는 그 처분의 취소를 구할 수 있는 개별적·직접적·구체적 이해관계가 있음.

다음으로 1심 및 원심에서는 이 사건 선정제외처분이 적법하다고 판단하였으나, 대법원은 구 학술진흥법 제20조 제1항에 따르면, 학술지원 대상자 선정제외처분은 학술지원 사업비 환수처분의 존재를 그 발령요건 내지 처분사유로 하고 있으므로, 사후적으로 학술지원 사업비 환수처분이 취소된 경우 학술지원 대상자 선정제외처분은 그 발령요건 내지 처분사유를 상실하게 되어 더 이상 그 효력을 유지할 수 없다고 해석되어야 하고, 이 사건 환수처분이 재량권 일탈·남용에 해당하여 취소되는 이상 그 환수처분을 전제로 하는 이 사건 선정제외처분도 취소하여야 한다고 판단하였습니다(원심 판결 중 원고 패소 부분을 파기하고 자판하였습니다). 

구 학술진흥법(2020. 12. 22. 법률 제17669호로 개정되기 전의 것)
제20조(학술지원 대상자 선정 제외) ① 교육부장관은 연구자나 대학등이 제19조 제1항 각 호 또는 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하여 사업비 지급이 중지되거나 지급한 사업비의 전부 또는 일부가 환수된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 1년 이상 5년 이하의 범위에서 제6조 제1항에 따른 학술지원 대상자 선정에서 제외하여야 한다.

 

3. 시사점 및 주의점

행정처분의 직접 상대방이 아닌 제3자라 하더라도 당해 행정처분으로 인하여 법률상 보호되는 이익을 침해당한 경우에는 그 처분의 취소나 무효확인을 구하는 행정소송을 제기하여 그 당부의 판단을 받을 자격이 있고, 여기에서 말하는 법률상 보호되는 이익이란 당해 처분의 근거 법규 및 관련 법규에 의하여 보호되는 개별적·직접적·구체적인 이익이 있는 경우를 말합니다(대법원 2006. 12. 22. 선고 2006두14001 판결).

본건 이전에도 서울행정법원은 국가연구개발사업과 관련하여 구 과학기술기본법령에 따른 환수처분 및 참여제한처분이 있을 경우, 그 처분 상대방이 대학교 산학협력단이라고 하더라도 대학교 소속 교수인 연구책임자에게 해당 처분의 취소를 구할 원고적격이 인정된다고 판단하였습니다(서울행정법원 2021. 1. 8. 선고 2019구합83625 판결)(다만 위 판결은 항소기간 도과로 확정됨으로써 상급심의 판단을 받지 못하였습니다).  위 대법원 판결은 구 학술진흥법이 적용된 사건이기는 하나, 위 하급심 판결에서 인정하였던 ‘국가연구개발사업비 환수처분의 처분상대방이 아닌 연구책임자의 원고적격’을 정면으로 인정하였다는 점에서 의미가 있습니다.

한편, 2021. 1. 1. 시행된 국가연구개발혁신법 제4조 본문은 ‘이 법은 국가연구개발사업의 추진에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용한다’라고 규정하되, 단서에서 일부 조항에 대하여는 예외를 규정하고 있는데, 제재처분에 관한 조항은 위 예외에 해당하지 않으므로, 향후 학술진흥법상 학술지원사업에 관한 제재처분에 대하여는 국가연구개발혁신법이 우선 적용될 것으로 보입니다.  따라서 국가연구개발사업 관련 제재처분 취소소송에서 적용 법률을 면밀히 살펴볼 필요가 있고, 국가연구개발혁신법이 적용되는 경우 위 대법원 판결에 따라 처분상대방이 아닌 연구책임자의 원고적격을 주장할 수 있을 것으로 예상됩니다.